数据集概述
本数据集为“历史转座子动员波在主要作物病原菌中创造独特适应性变异库”研究的补充文件集,包含转座子多态性检测基准测试、泛基因组组装注释、适应性变异定位等核心研究材料,支持解析病原菌适应性进化机制。
文件详解
- README.txt: 文本文件,说明补充文件集中各文件的内容与用途,包括转座子检测工具基准测试讨论、泛基因组组装注释、TE位点变异数据等。
- SupplementaryFile1_benchmarkingDiscussion.docx: Word文档,提供McClintock2框架下转座子多态性检测工具的基准测试补充讨论内容。
- SupplementaryFile2_pangenomeAssemblyAnnotations.tar.gz: 压缩文件,包含小麦病原菌Zymoseptoria tritici的泛基因组组装FASTA文件、FASTA头映射字典及多态性TE注释BED文件。
- SupplementaryFile3_teLociForGEA.vcf.gz: 压缩VCF文件,用于基因组环境关联分析(GEA)的转座子(TE)位点变异数据。
- SupplementaryFile4_benchmarkingResults.xlsx: Excel文件,存储转座子检测工具基准测试的结果数据。
- SupplementaryFile5_sourceData.tar.gz: 压缩文件,包含研究中使用的原始或源数据文件。
- SupplementaryTables.xlsx: Excel文件,包含研究相关的补充表格数据。
- SupplementaryFigures.pdf: PDF文件,呈现研究中的补充图表内容。
适用场景
- 作物病理学研究: 分析小麦病原菌Zymoseptoria tritici的基因组变异与适应性进化机制。
- 转座子进化研究: 探究转座子动员波对病原菌基因组多样性及适应性变异的影响。
- 分子生物学研究: 解析转座子介导的病原菌抗药性及宿主环境适应的分子机制。
- 生物信息学方法验证: 评估McClintock2等工具在转座子多态性检测中的性能。