数据集概述
本数据集围绕海洋螺类Littorina saxatilis的平行生态型(Wave和Crab)基因组分化展开研究,通过RAD-sequencing技术分析三个邻近岛屿种群的基因组变异、Fst值、几何形态测量等数据,探讨表型平行分化与基因组共享分化的关联,包含13个文件,涵盖文档、压缩包和数据表格三类。
文件详解
- 文档文件(.txt格式,共5个)
- 文件名称:README_for_diversity_statistics.txt、README_for_outlier_loci.txt、README_for_haplotype_genepop_files.txt、README_for_final_catalogue.txt、README_for_fdist.txt
- 内容说明:分别对应多样性统计、异常位点、单倍型基因种群文件、最终目录、fdist分析的说明文档,其中fdist相关文档详细解释了不同校正方法(如freena、raw fst)的输出文件结构及字段含义(含sample_het、sample_fst、pval等6列)
- 压缩包文件(.zip格式,共6个)
- 文件名称:diversity_statistics.zip、outlier_loci.zip、vcf_files.zip、fdist.zip、haplotype_genepop_files.zip、final_catalogue.zip
- 内容说明:分别存储多样性统计结果、异常位点数据、VCF格式序列数据、fdist分析输出、单倍型基因种群文件、最终目录数据
- 数据文件(.csv格式,共2个)
- 文件名称:metatable.csv
- 字段介绍:包含Sample(样本)、Population(种群)、Ecotype(生态型)、Sex(性别)、RAD-seq(测序状态)、ENA accession(ENA登录号)等字段,记录样本基本信息
- 文件名称:geometric_morphometrics.csv
- 字段介绍:包含id(编号)、sample(样本)、ecotype(生态型)、pop(种群)、pop_ecotype(种群-生态型)及Proc1-Proc25(形态测量主成分)等字段,记录形态测量数据
数据来源
论文“Shared and non-shared genomic divergence in parallel ecotypes of Littorina saxatilis at a local scale”
适用场景
- 海洋生物基因组分化研究:分析Littorina saxatilis不同生态型(Wave/Crab)的基因组差异及共享程度
- 平行演化机制探索:结合基因组数据与形态测量结果,研究表型平行分化与基因组分化的关联
- 种群遗传学分析:利用fdist输出的Fst值、杂合度等参数,评估种群间遗传结构与基因流
- 生态适应性研究:探讨不同生态环境(波浪/螃蟹捕食)对螺类基因组和形态特征的选择压力