数据集概述
本数据集聚焦东非Magadi湖及Little Magadi湖极端环境（高温、高碱、高盐）中的Alcolapia属罗非鱼，通过RAD-seq基因组学、几何形态测量学、稳定同位素分析及种群动态模拟，探究其生态形态分化与适应性进化。数据覆盖种群基因组差异、形态特征、食性生态及种群历史，为研究小型鱼类辐射演化提供模型系统支撑。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：batch_1.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含RAD-seq测序获得的单核苷酸多态性（SNP）位点信息，记录样本基因型、等位基因频率等种群基因组分化数据
- 形态测量数据文件
- 文件名称：Magadi morphometrics input files.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：存储几何形态测量学分析的原始输入数据，包含样本形态特征的定量测量值
- 稳定同位素数据文件
- 文件名称：Stable_isotope_data.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录样本的氮（N[%]）、碳（C[%]）含量、C/N比值、δ15N、δ13C同位素比值及相关测量高度数据，反映食性生态位分化
- 种群基因组分析文件
- 文件名称：BayeScan.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含BayeScan软件分析输出结果，用于检测种群间受选择的基因组位点
- 测序分析原始文件
- 文件名称：stacks_files.tar.gz
- 文件格式：TAR.GZ
- 字段映射介绍：压缩包内包含RAD-seq数据分析流程（Stacks软件）产生的原始输出文件，支撑种群基因组数据的重现性分析
数据来源
论文“Eco-morphological differentiation in Lake Magadi tilapia, an extremophile cichlid fish living in hot, alkaline and hypersaline lakes in East Africa”
适用场景
- 极端环境适应性进化研究: 分析Alcolapia属罗非鱼对高温、高碱、高盐环境的形态与基因组适应机制
- 种群基因组分化分析: 利用VCF文件与BayeScan结果探究种群间基因流模式、有效种群大小及选择压力差异
- 生态形态学研究: 通过形态测量数据结合同位素分析，揭示形态特征与食性生态位的关联
- 适应性辐射模型验证: 基于种群动态模拟结果，验证小型鱼类快速辐射演化的遗传机制
- 环境驱动进化研究: 结合湖泊环境差异（如氮浓度、栖息地特征），解析生态因子对种群分化的驱动作用
