数据集概述
本数据集基于论文研究,针对鳞翅目物种Melanargia galathea的微卫星标记开发问题,提出处理重复侧翼序列(MDF)的新方法。通过RepARK、RepeatMasker软件及自定义R脚本确定家族类型和引物位置,重新评估新开发的nSSR标记,并探讨对其他物种的应用价值,为SSR标记开发提供优化方案。
文件详解
- 文件名称:Schmid_etal_MolEcolResour2016.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包包含论文相关的微卫星DNA家族分析数据,具体内容需解压后查看,可能涉及MDF序列信息、引物设计数据、标记验证结果等与SSR标记开发相关的原始或处理数据。
数据来源
论文“Repetitive flanking sequences challenge SSR marker development: a case study in the lepidopteran Melanargia galathea”
适用场景
- SSR标记开发优化: 用于研究重复侧翼序列(MDF)对微卫星标记开发的影响,优化引物设计策略。
- 分子生态学研究: 为Melanargia galathea及其他物种(如Ephydryas aurinia、Stethophyma grossum等)的种群遗传学分析提供可靠的SSR标记参考。
- 生物信息学方法应用: 探索RepARK、RepeatMasker软件及R脚本在处理重复序列中的应用。
- 多物种标记开发参考: 为针叶树(Pinus cembra)、十字花科植物(Arabis alpina)等不同类群的SSR标记开发提供方法借鉴。