数据集概述
本数据集包含358个短链脱氢酶/还原酶（SDRs）和953个S-腺苷甲硫氨酸依赖甲基转移酶（SAM-MTases）的序列信息、AlphaFold2模型三维结构及底物分类标签，支持酶底物分类研究，共14个文件。
文件详解
- 序列文件
- 文件名称：SDR_sequences.fasta、SAM_sequences.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含SDRs和SAM-MTases的氨基酸序列信息
- 结构文件
- 文件名称：SDR_AlphaFold2_PDBs.zip、SAM_AlphaFold2_PDBs.zip
- 文件格式：ZIP（含PDB文件）
- 字段映射介绍：AlphaFold2预测的酶三维结构文件压缩包
- 聚类分类文件
- 文件名称：SDR_cluster_classifications_2DIMUMAP.csv、SAM_cluster_classifications_2DIMUMAP.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：SDRs（9类）和SAM-MTases（13类）的聚类分类结果
- 底物映射文件
- 文件名称：SDR_substrates_to_cluster_map_2DIMUMAP.csv、SAM_substrates_to_13clusters_map_2DIMUMAP.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：底物与聚类类别的映射关系，含SMILES表示
- 手动分类文件
- 文件名称：SDR_substructure_classifications.csv、SDR_cofactor_classifications.csv、SAM_protRNADNA_vs_compound.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：SDRs的辅因子/底物分类、SAM-MTases的生物聚合物/小分子底物分类
- 子结构搜索文件
- 文件名称：substructure_search_SMARTS.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：定义底物类别的SMARTS字符串
- 说明文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集概述及说明
适用场景
- 酶底物分类研究：基于序列、结构和标签数据开发分类模型
- 酶结构功能分析：结合AlphaFold2结构研究酶与底物的相互作用
- 生物信息学算法验证：测试聚类、子结构搜索等算法在酶分类中的应用
- 酶工程应用：指导SDRs和SAM-MTases的底物特异性改造
- 代谢通路分析：通过底物分类揭示酶在代谢网络中的角色
