-
JCIM_稿件附件及机器可读文件
2026年2月15日 30 34 29
数据集概述 本数据集为JCIM（《化学信息与建模杂志》）手稿的支持信息和机器可读文件集合，包含10个文件，涵盖分子结构、分子相互作用分析及QSAR训练测试集等内容，用于辅助理解手稿中的研究方法与结果。 文件详解 .pse格式文件（共6个）...
-
结核分枝杆菌的补充蛋白质数据库_PDBs_分枝菌酸差异自发折叠结构数据
2026年2月6日 30 103 48
数据集概述 本数据集包含结核分枝杆菌分枝菌酸的代表性“WUZ”折叠结构的PDB文件，是论文“Differential spontaneous folding of mycolic acids from Mycobacterium tuberculosis”的补充数据，用于展示分枝菌酸的差异自发折叠特性，为相关生物化学研究提供结构参考。 文件详解...
-
基于进化信息数据的蛋白质界面残基相互作用预测
2026年2月1日 30 27 15
数据集概述 本数据集围绕蛋白质界面残基相互作用预测展开，基于进化信息分析氨基酸序列协变性，验证其在已知结构蛋白质复合物中的接触预测效果，并对未知结构复合物进行预测建模。包含8个文件，涵盖蛋白质结构文件与序列比对压缩包，用于支撑蛋白质复合物结构预测研究。 文件详解 .pdb格式文件（共4个）...
-
tinyIFD_Based_药物分子对接数据集
2026年2月1日 30 13 5
数据集概述 本数据集与提交至JCIM的tinyIFD出版物相关，包含模板受体的清洁PDB文件（apo和holo形式）以及待对接至模板受体的目标配体。文件组织方式可直接置于tinyIFD工作流的根目录，包含369个交叉对接案例的主数据集和35个交叉对接案例的Mpro数据集。 文件详解 Main_dataset.zip 文件格式：ZIP...
-
AlphaFold3_Based_抗体与纳米抗体基准测试数据集
2026年1月29日 30 125 118
数据集概述 本数据集包含AlphaFold3抗体与纳米抗体基准测试相关的文件，包括清理、裁剪和重新编号的晶体结构及AF3预测结构的压缩包，以及数据集元数据文件，可用于蛋白质结构预测模型的性能评估与验证。 文件详解 Compiled_Benchmark_Data.tar.gz 文件格式：.gz（压缩包）...
-
HSP27_p62_Based溶酶体损伤诱导自噬信号通路研究数据
2026年1月28日 30 131 79
数据集概述 本数据集为论文“Lysosomal damage triggers a p38 MAPK-dependent phosphorylation cascade to promote lysophagy via the small heat shock protein...
-
Cyt_c_DNA_Based细胞色素c与DNA相互作用研究数据
2026年1月28日 30 178 113
数据集概述 本数据集包含细胞色素c（Cyt c）与DNA混合体系的实验及分子动力学（MD）模拟研究数据，涵盖构象变化、过氧化物酶活性及结合机制等内容，通过实验与模拟结合验证了两者相互作用的结构与功能关联，共14个文件。 文件详解...
-
Ligand_binding_based蛋白质侧链构象异质性研究数据
2026年1月27日 30 6 1
数据集概述 本数据集围绕配体结合对蛋白质侧链构象异质性的影响展开，包含743对严格匹配的未结合（apo）与配体结合（holo）晶体学数据集的多构象建模结果，以及CDK2抑制剂结合结构的相关分析数据，可用于研究构象异质性的变化规律及与配体特性的关联。 文件详解 文件名称：qFit_PDBs 文件格式：无扩展名（推测为PDB格式文件集合）...
-
Cryo_EM_Supplementary_气胞结构研究补充数据2023
2026年1月22日 30 76 24
数据集概述 本数据集为气胞Cryo-EM结构研究的补充数据，包含2D类平均图像、AlphaFold2预测模型、GvpC蛋白对接结果及气体孔道分析文件，用于支持气胞伪原子模型构建、生物发生机制推导及进化保守性验证。 文件详解 2Dclasses_AnaMega_SeamsEdgesWallTips.zip 文件格式：ZIP...
-
arch_3_In_silico_Based_古紫质3结构预测建模文件包
2026年1月22日 30 108 7
数据集概述 本数据集包含使用Medeller和RosettaCM算法预测古紫质3（arch-3）蛋白质结构所需的全部文件，支持从序列比对、模板处理到结构建模、优化及结果评估的完整流程，可用于生物信息学领域的蛋白质结构预测研究。 文件详解 核心输入文件 文件名称：P96787.fasta、1UAZ.fasta 文件格式：FASTA...
-
酶底物分类SDRs和SAM甲基转移酶_SAM_MTases_酶底物分类数据集
2026年1月20日 30 33 25
数据集概述 本数据集包含358个短链脱氢酶/还原酶（SDRs）和953个S-腺苷甲硫氨酸依赖甲基转移酶（SAM-MTases）的序列信息、AlphaFold2模型三维结构及底物分类标签，支持酶底物分类研究，共14个文件。 文件详解 序列文件 文件名称：SDR_sequences.fasta、SAM_sequences.fasta 文件格式：FASTA...
-
Latent_infection_Based_单细胞绿藻巨型内源性病毒潜伏感染研究补充数据
2026年1月12日 30 118 96
数据集概述 本数据集是论文《Latent infection of an active giant endogenous virus in a unicellular green alga》的补充数据，包含7个文件，涉及单细胞绿藻中巨型内源性病毒潜伏感染相关的基因组序列、蛋白质序列、模型文件及重复序列信息，支持病毒基因结构、蛋白质模型及序列特征的研究。...
-
PfCRT_Plasmodium_falciparum氯喹耐药转运蛋白构象模型及模拟系统数据
2026年1月17日 30 2 1
数据集概述 本数据集包含恶性疟原虫氯喹耐药转运蛋白（PfCRT）的三种构象模型（开放至液泡、封闭、开放至胞质）、分子动力学模拟起始系统文件及模拟原始数据，支持疟原虫耐药机制相关的结构生物学研究。 文件详解 文件名称：README.txt 文件格式：TXT 字段映射介绍：提供数据集的核心说明，包括PfCRT构象类型、模拟系统内容及相关论文引用信息...
-
DEKOIS2_0_for_KarmaDock_虚拟筛选目标蛋白与化合物库数据集
2026年1月15日 30 51 41
数据集概述 本数据集为DEKOIS 2.0版本，用于虚拟筛选任务。针对每个目标，提供蛋白质结构PDB文件、化合物库SMILES文件及Glide对接构象，以压缩包形式存储，支持药物发现领域的虚拟筛选研究。 文件详解 文件名称：DEKOIS2.zip 文件格式：ZIP...
-
iOBPdb_Archival_昆虫气味结合蛋白与挥发性有机化合物结合亲和力数据集
2026年1月15日 30 173 92
数据集概述 本数据集是iOBPdb初始版本的存档数据，记录昆虫气味结合蛋白（OBP）对挥发性有机化合物（VOC）的结合亲和力信息。包含91种昆虫的382个独特OBP、622种VOC目标及181项功能研究数据，通过结构化文件整合相关生物信息与实验结果。 文件详解...
-
ApoD_Gene_Cluster_Based硬骨鱼类载脂蛋白D基因簇扩展研究数据
2026年1月15日 30 48 12
数据集概述 本数据集为硬骨鱼类载脂蛋白D（ApoD）基因簇扩展研究的配套数据，包含基因序列、蛋白结构、转录组数据、表达谱、引物序列及选择压力分析结果，支持研究基因复制、簇维持与新功能形成，共6个文件。 文件详解 Additional_file_1_ML_tree_alignment.fas 文件格式：FAS...
-
Visual_Integration_Based_真菌染色体三维模型组学数据整合补充数据
2026年1月13日 30 30 16
数据集概述 本数据集为论文“Visual integration of omics data to improve 3D models of fungal chromosomes”的补充数据，包含3DGB工作流所需的参数文件、生成的真菌基因组三维结构文件、代表性结构动画及原始组学数据分析汇总表，总计31个文件，用于支持真菌染色体三维模型的构建与分析。...
-
ABCG36_Substrate_Specificity_拟南芥转运体MD_QM计算数据
2026年1月13日 30 48 19
数据集概述 本数据集包含拟南芥ABCG36/PDR8/PEN3转运体的坐标文件，用于分子动力学（MD）和量子力学（QM）计算，旨在研究ABCG转运体底物特异性的决定因素，重点关注全长拟南芥ABCG36转运体的胞外门关键残基对底物质量控制的作用。 文件详解 文件名称：README.md 文件格式：MD...
-
RaptorX_Source_Huntingtin蛋白结构预测项目数据_20160329
2026年1月13日 30 204 141
数据集概述 本数据集为Huntingtin蛋白结构功能开放实验室笔记本项目的RaptorX结构预测数据，包含4个文件，主要涉及Huntingtin蛋白的结构预测结果及相关文档，支持对该蛋白结构的研究与分析。 文件详解 结构预测文件（.pdb格式） 文件名称：1-1200_besthit.pdb、2301-3144.pdb、1-1100.pdb...
-
CHARMM_Drude_OpenMM_7_5_0_PURE_POPE膜分子动力学模拟数据
2026年1月12日 30 18 4
数据集概述 本数据集为采用CHARMM-Drude力场、通过OpenMM 7.5.0模拟引擎生成的纯POPE膜分子动力学模拟数据。包含300纳秒模拟数据（分3个子轨迹，每段100纳秒），共3000帧，采样频率100皮秒，前50纳秒为平衡期已剔除。数据涉及144个POPC脂质分子及5040个SWM4-NPD水分子，含修正时间戳的轨迹文件。 文件详解...
