数据集概述
本数据集包含MethMotif平台使用协议的输出文件，涉及转录因子结合位点基序与DNA甲基化谱的整合分析，重点关注亮氨酸拉链转录因子二聚体的结合模式。数据集支持探索转录因子二聚化伙伴、可视化甲基化特异性基序及表征结合模式，含软件安装、数据分析流程及结果解读的指导内容。
文件详解
- Protocol Output Files（protocol_output.zip）
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：压缩包包含MethMotif套件生成的处理数据、中间输出和最终报告，支持转录因子二聚化、甲基化特异性基序分析及亮氨酸拉链转录因子结合模式的结果复现。
- Markdown Script（methmotif_protocol_markdown.md）
- 文件格式：MD
- 内容介绍：结构化文档，概述MethMotif套件的方法论、关键参数及结果解读，提供软件安装、数据输入格式和分析流程的分步说明。
- R Script（methmotif_protocol_rscript.R）
- 文件格式：R
- 内容介绍：R语言脚本，用于执行MethMotif分析的部分流程，包括数据预处理、基序发现和可视化，支持CEBPB在K562细胞中的案例分析复现。
适用场景
- 转录因子二聚化分析: 探索亮氨酸拉链转录因子的二聚化伙伴及共结合行为，以CEBPB在K562细胞中的案例为参考。
- DNA甲基化调控研究: 分析甲基化对转录因子结合特异性的影响，可视化甲基化特异性基序及生成甲基化信息整合的基序logo。
- 基因调控网络研究: 整合转录因子结合位点基序与DNA甲基化谱，揭示甲基化和二聚化对基因调控网络的影响机制。
- 生物信息学方法应用: 指导不同计算背景的研究者使用MethMotif平台、TFregulomeR包及Forked-TF库进行数据分析，支持软件安装、数据处理和结果解读。
