数据集概述
本数据集是预印本《MRSA菌血症复发基因组研究揭示多样基因组特征与菌血症相关基因的趋同性》的关联数据，包含临床元数据、基因序列、变异位点、统计分析结果及Rmarkdown代码文件，支持复现研究结果，为MRSA菌血症复发的基因组机制研究提供完整数据支持。
文件详解
- 临床与实验数据文件：
- Clinical_MetaData_Public_v2.csv：CSV格式，更新后的临床元数据文件，用于复现补充表S2
- BREGOS_2_SET_PUBLIC.csv、BREGOS_2_MolType_Data.csv：CSV格式，BREGOS数据集相关数据
- Figure3_Data.csv、Figure4_B_data.csv、Figure4_C_data.csv、Figure5_data.csv：CSV格式，对应研究图表的统计数据
- 基因组与变异数据文件：
- within_host_snps.tab、mk_core-snp.tab：TAB格式，宿主内单核苷酸多态性及核心SNP数据
- StaphASR_annotated_snps.zip：ZIP格式，含StaphASR注释的SNP数据
- core-genome.masked.distance.tsv：TSV格式，核心基因组 masked 距离数据
- core-genome.treefile：treefile格式，核心基因组树文件
- 泛基因组分析文件：
- pangenome.syntenic_blocks.tsv、PIRATE.gene_families.ordered.tsv：TSV格式，Bactopia泛基因组管道输出文件，识别所有测序基因组中的基因家族
- 分析代码文件：
- BREGOS_CODE_V2.Rmd：Rmarkdown格式，数据分析代码文件
适用场景
- 医学微生物学研究：分析MRSA菌血症复发的基因组特征及菌血症相关基因
- 临床基因组学应用：探究MRSA菌血症复发的分子机制与临床关联
- 生物信息学分析：复现研究中的基因组数据分析流程
- 耐药性机制研究：基于SNP和基因家族数据研究MRSA耐药性相关基因
