数据集概述
本数据集包含论文《MUUMI: an R package for statistical and network-based meta-analysis for MUlti-omics data Integration》中两个案例研究的输入与输出文件，支持复现研究结果，涉及特发性肺纤维化转录组数据及THP-1巨噬细胞多组学数据的整合分析。
文件详解
- 元数据文件：
- metadata_methylation.xlsx（Excel格式）：甲基化数据的样本元数据
- metadata_transcriptomics.xlsx（Excel格式）：转录组数据的样本元数据
- 处理后数据文件：
- adj_pval_integrated_biopsy.txt（TXT格式）：整合活检数据的调整后p值，包含多个数据集（如GSE199949、GSE124685等）的p值字段
- adjusted_matrix_biopsy_rnaseq_healthy.txt（TXT格式）：健康活检RNA-seq数据的调整矩阵
- combined_symbol_expression_matrix_healthy_biopsy_micro_subset.txt（TXT格式）：健康活检微阵列子集的基因符号表达矩阵
- gsea_results_ordered.txt（TXT格式）：排序后的基因集富集分析结果
- 网络与模块文件：
- network_biopsy_rnaseq_healthy.rds（RDS格式）：健康活检RNA-seq数据的分子网络
- edge_rank_biopsy_rnaseq_healthy.rds（RDS格式）：健康活检RNA-seq网络的边排序结果
- list_of_modules_biopsy.RData（RData格式）：活检数据的模块列表
- 可视化与分析结果文件：
- bubble_plot_merged_disease.png（PNG格式）：疾病组合并数据的气泡图
- ORA_results_by_module_disease.xlsx（Excel格式）：疾病组模块水平的过表达分析结果
- gsea_results_ordered.txt（TXT格式）：基因集富集分析结果
- 代码与参考文件：
- source_script_AF.R（R格式）：分析脚本
- c2.cp.reactome.v2023.2.Hs.symbols.gmt（GMT格式）：Reactome通路基因集参考文件
数据来源
适用场景
- 生物信息学方法验证：复现MUUMI包的多组学整合与元分析功能
- 呼吸系统疾病研究：分析特发性肺纤维化的转录组分子特征
- 免疫细胞生物学研究：探究THP-1巨噬细胞极化的多组学调控机制
- 分子网络分析：基于多组学数据构建与解析疾病相关分子网络
- 生物标志物筛选：通过整合分析识别疾病与健康状态的差异分子
