数据集概述
本数据集包含鞘翅目隐翅虫科Creophilus属和Platydracus属的首个线粒体基因组相关的系统发育分析数据，涵盖修剪后的矩阵、分区文件、扩展共识树及补充表格，用于支持该类群的系统发育关系研究。
文件详解
- 数据集压缩包（Datasets.zip）
- 包含文件：P1P2R_Phylip.phy、P1P2R_partition.txt、P12R_Phylip.phy、P12R_partition.txt、P2R_Phylip.phy、P2R_partition.txt、AA_Phylip.phy、AA_partition.txt
- 文件格式：.phy（Phylip格式）、.txt（文本格式）
- 字段映射：.phy文件为核苷酸/氨基酸序列矩阵，对应.txt文件为其分区方案，涉及PCG核苷酸不同位置与rRNA组合、PCG氨基酸序列等数据类型
- 系统发育树压缩包（Trees.zip）
- 包含文件：P1P2R_FP.tree、P1P2R_MP.tree、P1P2R_NP.tree、P1P2R_NPH4.tree、P12R_FP.tree、P12R_MP.tree、P12R_NP.tree、P12R_NPH4.tree、P2R_FP.tree、P2R_MP.tree、P2R_NP.tree、P2R_NPH4.tree、AA_FP.tree、AA_MP.tree、AA_NP.tree、AA_NPC60.tree
- 文件格式：.tree（系统发育树格式）
- 内容说明：不同数据组合、分区方案及模型构建的扩展共识树，涉及全分区、合并分区、未分区等方案及异速模型、混合物模型等
- 补充表格（Tables S1-S2.xlsx）
- 文件格式：XLSX
- 字段映射：Table S1为Creophilus maxillosus与92种隐翅虫总科物种核苷酸比对的成对相似度；Table S2为上述物种氨基酸比对的保守位点百分比
数据来源
论文“The first mitochondrial genome of Creophilus Leach and Platydracus Thomson (Coleoptera: Staphylinidae: Staphylinini) and phylogenetic implications”
适用场景
- 昆虫系统发育研究：用于分析Creophilus属和Platydracus属在隐翅虫科中的系统发育位置及亲缘关系
- 线粒体基因组进化分析：基于不同分区方案和模型的系统发育树，探究线粒体基因组的进化模式
- 物种亲缘关系评估：利用成对相似度和保守位点百分比数据，评估目标物种与近缘类群的遗传距离
- 生物信息学方法验证：对比不同数据组合、分区策略及模型构建的系统发育树结果，验证分析方法的可靠性
