数据集概述
本数据集为基于Arbitrator 2023构建的nifD基因数据库（版本1.1.0），遵循nifH数据库的构建原则与方法，用于DADA2分析流程。包含基因序列、分类信息等多格式文件，支持微生物固氮相关研究，共6个文件。
文件详解
- Readme.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含引用信息、数据库构建方法说明及参考文献
- nifD_DB_phylum_v1.1.0.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含num（序号）、sequence（基因序列）、seqlen（序列长度）、tax（分类信息）、Accession（登录号）字段
- nifD_DB_phylum_v1.1.0.ods
- 文件格式：ODS
- 字段映射介绍：与nifD_DB_phylum_v1.1.0.csv内容一致的电子表格文件
- nifD_DB_phylum_v1.1.0.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：与nifD_DB_phylum_v1.1.0.csv内容一致的电子表格文件
- nifD_v1.1.0.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：nifD ARB数据库导出并更新NCBI分类信息后的XML元数据文件
- nifD_dada2_v1.1.0.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：nifD基因序列的FASTA格式文件，适用于DADA2分析流程
数据来源
nifDdada2 GitHub repository
适用场景
- 微生物分子生态学研究：分析环境样本中固氮微生物的群落组成与多样性
- 基因序列注释：利用nifD数据库对测序数据中的固氮酶基因进行分类注释
- 生物信息学分析流程开发：为DADA2等扩增子分析流程提供标准化的nifD基因参考数据库
- 固氮微生物进化研究：基于nifD基因序列的系统发育分析与分类学研究
- 环境微生物监测：通过nifD基因标记评估不同生态系统中固氮功能微生物的分布特征
