数据集概述
本数据集为NSD2-PWWP1化学探针的化学蛋白质组学分析结果，通过竞争性亲和纯化结合无标记定量LC-MS/MS技术，评估UNC6934（NSD2-PWWP1靶向探针）与UNC7145（阴性对照）的靶点结合及选择性。包含原始质谱数据、分析参数文件、参考数据库、R分析脚本及方法文档，共23个文件。
文件详解
- 原始质谱数据文件
- 文件名称：遵循
[处理组]_rep[重复数].raw/.index模式（如UNC7145_rep3.raw、DMSO_rep1.index）
- 文件格式：RAW、INDEX
- 字段映射介绍：包含DMSO对照、UNC7145、UNC6934处理组的原始质谱检测数据及索引文件，数据集已上传至ProteomeXchange（PRIDE，ID：PXD017641）
- 分析参数与参考数据库文件
- 文件名称：mqpar.xml、UP000005640_9606.fasta
- 文件格式：XML、FASTA
- 字段映射介绍：mqpar.xml为MaxQuant定量分析参数配置文件；UP000005640_9606.fasta为人类蛋白质组参考数据库（UniProt，20605条条目）
- R分析项目文件
- 文件名称：NSD2_Chemoproteomics.Rproj、DEP_Analysis.R
- 文件格式：RPROJ、R
- 字段映射介绍：R项目配置文件及DEP包差异富集分析脚本，用于MaxQuant输出数据的统计分析
- 方法文档
- 文件名称：methods.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：实验方法补充说明文档
适用场景
- 表观遗传学靶点验证：分析UNC6934对NSD2-PWWP1结构域的特异性结合能力
- 化学探针选择性评估：比较UNC6934与UNC7145的蛋白质组水平结合差异，验证探针选择性
- 质谱数据分析方法参考：基于MaxQuant与DEP包的无标记定量蛋白质组学分析流程复用
- 药物靶点发现：通过化学蛋白质组学数据挖掘潜在的脱靶蛋白，指导探针优化
