数据集概述
本数据集是Python包oggmap/orthomap的示例数据，包含基于不同数据库版本（Ensembl、WormBase等）的OrthoFinder分析结果、物种列表、分类树及预计算的直系同源映射等文件，为基因直系同源分析提供示例数据支持。
文件详解
该数据集包含多种类型的文件，具体说明如下：
- OrthoFinder结果文件（压缩包格式）：
- 如ensembl_105_orthofinder_Orthogroups.GeneCount.tsv.zip、ensembl_110_orthofinder_last_Orthogroups.tsv.zip等，包含不同数据库版本和参数下的直系同源组统计及详细信息。
- 物种列表文件（TSV格式）：
- 如ensembl_105_orthofinder_species_list.tsv、WS288_WBPS18_orthofinder_last_species_list.tsv等，记录OrthoFinder物种文件名与对应NCBI分类ID的映射关系。
- 分类树文件：
- 如ensembl_105_species_tree_ncbi_topology_named.nw（Newick格式）、ensembl_105_species_tree_ncbi_topology_named.pdf（PDF格式），提供物种的NCBI分类拓扑树。
- 预计算直系同源映射文件（TSV或压缩包格式）：
- 如Sun2021_Orthomap.tsv、ensembl_113_orthofinder_last_orthomaps.tsv.zip等，包含不同物种或数据库的预计算直系同源映射数据。
- 其他示例文件：
- 如broccoli_example_table_OGs_protein_names.txt（TXT格式）、PhyloExpressionSetExample.h5ad（H5AD格式）、mouse_synonyms.tsv（TSV格式）等，提供基因名称、表达谱示例及基因同义词映射数据。
适用场景
- 生物信息学工具测试：用于验证和测试oggmap/orthomap等Python包的功能与性能。
- 基因直系同源分析：作为示例数据，辅助研究人员理解OrthoFinder等工具的输出结果及分析流程。
- 进化生物学研究：支持物种分类树构建、基因家族进化分析等研究方向。
- 数据库整合分析：为不同数据库（Ensembl、WormBase等）的基因数据整合提供参考示例。
