数据集概述
本数据集是针对北美特有植物Penstemon属的基因预测与注释结果，通过MAKER2注释流程从6个极低覆盖度（约0.005×−0.007×）基因组中识别基因区域，支持系统发育标记开发。包含基因注释文件、序列文件等5个文件，可用于下游引物设计及序列分化分析。
文件详解
- 文件名称：Penstemon-MAKER-FuncAnnots.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：MAKER2生成的功能注释结果文件，包含基因功能注释相关信息
- 文件名称：Hit-desc.pl
- 文件格式：PL
- 字段映射介绍：用于处理注释结果的脚本文件
- 文件名称：MakerProtein.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：MAKER2预测的蛋白质序列文件
- 文件名称：MakerEST.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：MAKER2预测的表达序列标签（EST）文件
- 文件名称：Penstemon.hmm
- 文件格式：HMM
- 字段映射介绍：用于基因预测的隐马尔可夫模型文件
数据来源
论文“Gene prediction and annotation in Penstemon (Plantaginaceae): a workflow for marker development from extremely low-coverage genome sequencing”
适用场景
- Penstemon属系统发育研究: 基于注释基因序列开发系统发育标记，解析280个物种的进化关系
- 低覆盖度基因组基因标记开发: 验证MAKER2流程在极低覆盖度基因组中识别基因区域的有效性
- 基因序列分化分析: 利用注释序列分析Penstemon物种间的序列分歧水平
- 植物基因组注释方法优化: 对比MAKER2与BLAST方法的基因区域识别效果，优化注释流程
