数据集概述
本数据集为论文“Plotting for change: an analytic framework to aid decisions on which lineages are candidate species in phylogenomic species discovery”的配套数据，包含用于分析澳大利亚淡水鱼Retropinna属物种复合体的基因组、基因序列、系统发育树及分析代码等文件，共十四份，用于区分候选物种与种内线系。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.docx、README-2.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含数据背景、文件说明及使用方法等信息
- 基因序列与系统发育文件
- 文件名称：rets.s7.relabel.nex、rets.cytb.16s.relabel.nex、rets.tropo.resort.relabel.nex、svd_448N_11980L.nex、retro.snp.raxml.12k.phy
- 文件格式：NEX、PHY
- 字段映射介绍：包含鱼类基因组SNP数据、线粒体基因（cytb、16s）序列、系统发育分析输入文件等
- 系统发育树文件
- 文件名称：retro.12k.RAxML_bips.nwk、retro.4k.RAxML_bips.nwk、svd12k.tre、svd4k.tre
- 文件格式：NWK、TRE
- 字段映射介绍：基于不同数据集构建的RAxML系统发育树，包含分支支持度信息
- 分析代码与原始数据文件
- 文件名称：FD_analysis.r、Resem_raw.Rdata、Smelt_raw_allozyme_genotypes.xlsx
- 文件格式：R、RData、XLSX
- 字段映射介绍：功能多样性分析代码、原始数据对象、鱼类同工酶基因型原始数据表格
数据来源
论文“Plotting for change: an analytic framework to aid decisions on which lineages are candidate species in phylogenomic species discovery”
适用场景
- 物种界定方法验证: 用于测试和应用六步候选物种分析框架，评估基因组数据在物种发现中的作用
- 淡水鱼类系统发育研究: 利用基因序列和系统发育树文件，分析澳大利亚Retropinna属鱼类的亲缘关系
- 基因组数据可视化: 通过基因亲和性可视化步骤，识别离散或混合遗传群体
- 分类学诊断特征评估: 结合基因型数据，评估鱼类谱系的诊断性及其物种地位
- 生物信息学方法应用: 实践系统发育分析、SNP数据处理及功能多样性分析等生物信息学技术
