数据集概述
本数据集包含硅藻Pseudo-nitzschia arenysensis脂氧合酶（LOX）基因敲低株及野生型菌株的RNA-seq数据从头组装结果，以及转录本序列的功能分类信息，旨在研究氧脂素合成机制及相关代谢物在硅藻中的作用机制。
文件详解
- 文件名称：P. arenysensis Functional_annotation_assembly.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含转录本序列的功能分类信息，具体字段未提供预览，推测涵盖基因注释、功能分类等转录组功能分析相关内容。
- 文件名称：mixed-normdefault_trinity.CDHIT_FILTERED_3.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含经CDHIT过滤后的转录组从头组装序列，为标准FASTA格式，记录转录本核苷酸序列信息。
数据来源
论文“Sabatino et al., New Phyt. (2021) doi: 10.1111/NPH.17739”及“Marotta et al., Sci Data. submission #SDATA-23-01949, in revision”
适用场景
- 硅藻基因功能研究：分析脂氧合酶基因敲低对转录组的影响，探究氧脂素合成相关代谢通路。
- 转录组组装方法验证：评估P. arenysensis转录组从头组装的质量及CDHIT过滤策略的有效性。
- 硅藻分子生物学机制分析：通过功能注释数据研究硅藻代谢物作用机制及基因调控网络。
- 海洋微藻生物技术应用：为硅藻相关生物资源开发及基因工程改造提供转录组数据支持。
