Pseudomonas_R_tailocin_Based环境假单胞菌表达调控研究数据

数据集概述

本数据集为环境假单胞菌中R-tailocin表达调控研究的配套分析数据，包含RNA-seq、基因表达、ChIP-seq等多类型处理后数据，对应研究论文中的核心图表及补充图表，支持探究LexA样抑制子与H-NS样全局调控因子对R-tailocin表达的精细调控机制。

文件详解

• 转录组与表达数据文件
• RNA-seq_analyzed_dataset.xlsx（XLSX格式）：处理后的RNA-seq数据，对应论文图1、图3及补充图7
• Expression_data_analyzed.xlsx（XLSX格式）：处理后的基因表达数据，对应论文图2、图3及补充图2、3、9
• S1_Fig_Expression.xlsx（XLSX格式）：处理后的表达数据，对应补充图1
• S1_Fig_CFU.xlsx（XLSX格式）：暴露于丝裂霉素C和过氧化氢诱导剂后的菌落形成单位数据，对应补充图1
• mvaT_mvaV_differences.xlsx（XLSX格式）：ΔmvaTΔmvaV双突变体与野生型在诱导/非诱导条件下的RNA-seq差异数据，对应图3
• S7_Fig_mvaT_mvaV_differences.xlsx（XLSX格式）：ΔmvaT/ΔmvaV单突变体与野生型在诱导/非诱导条件下的RNA-seq差异数据，对应补充图7
• ChIP-seq可视化文件（均为BW格式，参考基因组P. protegens CHA0 LS999205.1）
• Chip_seq_CHA0_I_CPM_normalized.bw：野生型诱导条件下的IGV可视化文件，对应图2、3及补充图5、6、10-15
• Chip_seq_CHA0_NI_CPM_normalized.bw：野生型非诱导条件下的IGV可视化文件，对应图2、3及补充图5、6、10-15
• Chip_seq_prtR_V5_I_CPM_normalized.bw：PrtR-V5诱导条件下的IGV可视化文件，对应图2及补充图6、12-15
• Chip_seq_prtR_V5_NI_CPM_normalized.bw：PrtR-V5非诱导条件下的IGV可视化文件，对应图2及补充图6、12-15
• Chip_seq_mvaT_V5_I_CPM_normalized.bw：MvaT-V5诱导条件下的IGV可视化文件，对应图3及补充图6、10-15
• Chip_seq_mvaT_V5_NI_CPM_normalized.bw：MvaT-V5非诱导条件下的IGV可视化文件，对应图3及补充图6、10-15
• Chip_seq_mvaV_V5_I_CPM_normalized.bw：MvaV-V5诱导条件下的IGV可视化文件，对应图3及补充图6、10-15
• Chip_seq_mvaV_V5_NI_CPM_normalized.bw：MvaV-V5非诱导条件下的IGV可视化文件，对应图3及补充图6、10-15
• Chip_seq_parB_V5_I_CPM_normalized.bw：ParB-V5诱导条件下的IGV可视化文件，对应补充图5、6
• Chip_seq_parB_V5_NI_CPM_normalized.bw：ParB-V5非诱导条件下的IGV可视化文件，对应补充图5、6
• 其他补充数据文件
• GC_content.csv（CSV格式）：ChIP-seq鉴定峰的GC含量数据，含GC.content、Peak、Strain、Induction字段，对应补充图11
• S4_Fig.xlsx（XLSX格式）：ChIP-seq所用突变体的生长曲线处理数据，对应补充图4

数据来源

论文“A LexA-like repressor and global H-NS-like regulators enable the fine-tuning of R-tailocin expression in environmental Pseudomonas”

适用场景

• 微生物基因表达调控机制研究：分析LexA样抑制子与H-NS样因子对R-tailocin表达的调控模式
• ChIP-seq数据可视化分析：通过BW文件在IGV中查看不同菌株、诱导条件下的染色质结合信号
• 突变体转录组差异分析：对比野生型与mvaT/mvaV突变体在诱导/非诱导条件下的基因表达差异
• 假单胞菌R-tailocin功能研究：结合表达数据探究R-tailocin在环境假单胞菌中的表达调控逻辑