数据集概述
本数据集为美洲栎属进化枝的系统发育框架研究数据，基于RAD测序技术生成。包含140万比对核苷酸的串联矩阵（27727个序列簇），用于解决栎属系统发育研究中主干拓扑结构支持不足的问题，验证23-33百万年进化枝的系统发育模式稳健性。
文件详解
- 分析文件（EST相关）
- 文件名称：analyses.EST.2013-03-28.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含与EST序列关联的系统发育分析数据
- 系统发育数据文件
- 文件名称：d6m10.phy.zip、c88_d6m4p2_wRE.readloci.zip、c88_d6m10p2_wRE.readloci.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含系统发育分析用的序列数据及位点信息
- blast分析文件
- 文件名称：blasts.2013-02-21.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含RAD位点与NCBI Genbank EST序列的比对数据
- 综合数据文件
- 文件名称：2013-04-09.data.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含研究相关的综合数据
- R代码文件
- 文件名称：PLOS.2013.analyses.R、PLOS.2013.blast2go.R
- 文件格式：R
- 内容说明：包含系统发育分析及blast2go分析的R代码
数据来源
论文“A framework phylogeny of the American oak clade based on sequenced RAD data”
适用场景
- 植物系统发育研究: 用于构建美洲栎属进化枝的系统发育框架，分析物种间进化关系
- 基因组学数据分析: 基于RAD测序数据，研究栎属基因组的序列变异与进化模式
- 生物信息学方法验证: 验证RAD-Seq技术在解决长期进化枝系统发育问题中的应用价值
- 进化生物学研究: 分析栎属23-33百万年的进化历史及支系分化过程
