数据集概述
本数据集为“人类致病性RNA病毒通过占据独立生态位建立非竞争谱系”研究的补充数据，包含病毒特征、序列信息、突变率、谱系分类等12类表格，以及序列比对、基因树等多类压缩文件，支撑病毒进化与生态位研究。
文件详解
该数据集包含表格文件与压缩文件，具体说明如下：
- 表格文件：
- TableS1_virus_characteristics.xlsx：Excel格式，含病毒缩写、科属、传播方式等特征字段
- TableS2_outgroup_sequences.xlsx：Excel格式，列出外群序列ID
- TableS3_GISAID_acknowledgements.dat：dat格式，SARS-CoV-2序列的GISAID致谢信息
- TableS4_manual_sequence_curation.xlsx：Excel格式，手动序列筛选的关键词记录
- TableS5_EVA_H3N2_subalignments.tsv：tsv格式，EVA和H3N2子树的序列ID
- TableS6_GL_and_ML_lineages.xlsx：Excel格式，GL和ML谱系的序列ID
- TableS7_H3N2_newOld.tsv：tsv格式，H3N2新旧子树的序列ID
- TableS8_mutation_rates_LCA.dat：dat格式，突变率及最近共同祖先日期
- TableS9_dNdS.xlsx：Excel格式，平均dN/dS值
- TableS10_Virus_YearlyCases_GenerationTime.docx：docx格式，年度病例及世代时间估算
- TableS11_metadata.dat：dat格式，序列ID、宿主、分离日期等元数据
- TableS12_key_parameters.xlsx：Excel格式，病毒物种的关键参数及均值
- 压缩文件（.zip格式）：
- alignments.zip：ORFeome序列比对文件（不含终止密码子）
- correlatedSubtrees.zip：相关分支子树文件（Newick格式）
- genealogicalTrees.zip：谱系树文件（含全局拓扑、子树等）
- maximallyDiverseSubtrees.zip：最大多样性子树文件
- simulatedTrees.zip：中性模型模拟树文件
- ultrametricTrees.zip：超度量树文件
适用场景
- 病毒进化研究：分析RNA病毒的突变率、谱系分化及最近共同祖先
- 生态位占据机制研究：探究病毒非竞争谱系的生态位分化模式
- 分子流行病学分析：基于序列元数据研究病毒传播与分布特征
- 进化模型验证：利用模拟树与真实谱系树对比验证进化模型
- 抗病毒策略研究：通过病毒特征与治疗现状数据支撑药物研发
