数据集概述
本数据集包含42种苔藓植物的细胞器基因RNA编辑位点及核编码PPR蛋白序列数据，涵盖31种非地钱类苔藓植物的128个细胞器基因中7428个RNA编辑位点，以及25059条PPR蛋白序列。数据可用于研究RNA编辑位点数量与GC含量、核PPR蛋白多样性的关联，是探索植物RNA编辑进化机制的基础数据。
文件详解
- 模型文件（org-nt-model.txt）
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：定义DNA序列分区信息，包含cp_pos1（叶绿体密码子第一位）、cp_pos2（叶绿体密码子第二位）、cp_pos3（叶绿体密码子第三位）、mt_pos1（线粒体密码子第一位）、mt_pos2（线粒体密码子第二位）、mt_pos3（线粒体密码子第三位）的序列范围
- 系统发育文件（RAxML_bipartitionsBranchLabels.nt）
- 文件格式：NT
- 内容说明：包含基于核苷酸序列构建的系统发育树及分支标签信息
- 核苷酸序列文件（org-nt.txt）
- 文件格式：TXT
- 内容说明：苔藓植物细胞器核苷酸序列数据
- 过滤脚本（single_snp_filter.pl）
- 文件格式：PL
- 内容说明：用于单核苷酸多态性过滤的Perl脚本
- 基因组压缩包（draft_organellar_genomes.zip）
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：苔藓植物细胞器基因组草稿序列压缩文件
数据来源
论文“The amount of RNA editing sites in liverwort organellar genes is correlated with GC content and nuclear PPR protein diversity”
适用场景
- 植物RNA编辑进化研究: 分析苔藓植物细胞器基因RNA编辑位点的分布特征及进化规律
- 基因编辑与GC含量关联分析: 探究RNA编辑位点数量与蛋白编码基因GC含量的相关性
- 核PPR蛋白多样性研究: 分析核编码PPR蛋白序列多样性与RNA编辑效率的关系
- 苔藓植物分子系统发育分析: 利用系统发育文件构建苔藓植物的进化关系
- 基因组数据挖掘: 通过草稿基因组压缩包获取苔藓植物细胞器基因组的原始序列信息
