数据集概述
本数据集是ddbj/workflow-registry的工作流之一，包含150个文件，以.nf格式文件为主，涵盖RNA测序分析相关的流程模块、配置文件、脚本文件及辅助资源，用于支撑RNA测序数据处理流程的执行与配置。
文件详解
- 核心流程模块文件（.nf格式，共70个）
- 示例文件：modules_nf-core_modules_salmon_index_main.nf、modules_local_star_align.nf、modules_nf-core_modules_umitools_dedup_main.nf
- 说明：包含RNA测序分析关键步骤的流程脚本，如基因比对、转录本定量、重复序列标记等功能模块
- 配置与元数据文件（.yml格式，共40个；.config格式，共6个；.json格式，共4个）
- 示例文件：modules_nf-core_modules_salmon_index_meta.yml、nextflow.config、nextflow_schema.json
- 说明：存储流程模块的元数据、工作流配置参数、输入输出数据结构定义等信息
- 脚本文件（.py格式7个；.r格式4个；.groovy格式5个）
- 示例文件：bin_filter_gtf_for_genes_in_genome.py、bin_salmon_tximport.r、lib_WorkflowRnaseq.groovy
- 说明：包含数据处理辅助脚本，如基因注释文件过滤、转录本定量结果导入、流程逻辑控制脚本等
- 辅助资源文件（.txt格式7个；.csv格式1个；.html格式1个；图片文件1个）
- 示例文件：assets_samplesheet.csv、assets_email_template.html、assets_nf-core-rnaseq_logo_light.png
- 说明：包含样本表、报告模板、参考数据库配置、流程logo等辅助资源
- 其他文件
- 示例文件：README.md、LICENSE
- 说明：提供流程说明文档与开源许可协议
数据来源
ddbj/workflow-registry
适用场景
- RNA测序数据分析流程搭建：用于构建标准化的RNA测序数据处理流水线
- 生物信息学工具集成研究：分析不同生物信息学工具在RNA测序流程中的集成方式
- 工作流配置优化：基于配置文件研究RNA测序流程的参数调优方法
- 生物信息学教学：作为RNA测序流程开发与执行的实践案例素材
