数据集概述
本数据集为SAMPL9挑战中甲苯/水分配系数(LogP)的非平衡快速增长(NE-FG)盲预测复现数据,基于s/w ORAC6.1工具构建,包含电荷参数库、分子结构文件、工作数据目录、辅助脚本及挑战提交分析结果等内容。
文件详解
- 核心目录结构:
lib-631Gd:含6-31Gd电荷的GAFF2 ORAC拓扑参数库
lib-am1bcc:含am1bcc电荷的GAFF2 ORAC拓扑参数库
pdb:化合物与溶剂的PDB结构文件目录
work-am1-bcc:使用AM1-BCC电荷集的工作数据目录
work-6-31Gd:使用HF/6-31Gd电荷集的工作数据目录
bin:辅助脚本目录(详见内部README)
LogP-analysis:SAMPL9 LogP所有提交结果的分析目录(详见内部README)
- 压缩包文件:
- 文件名称:
NE-FG.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:包含上述所有目录的归档文件
数据来源
www1.chim.unifi.it/orac
适用场景
- 计算化学方法验证:复现NE-FG方法对甲苯/水LogP的盲预测结果,评估方法准确性
- 分子力场参数优化:对比GAFF2力场下不同电荷集(6-31Gd、am1bcc)对分配系数预测的影响
- 药物设计辅助:利用LogP预测数据优化小分子化合物的亲水性/亲脂性设计
- 计算工具性能评估:基于SAMPL9挑战分析结果,评估ORAC6.1工具在LogP预测任务中的表现