数据集概述
本数据集包含日本血吸虫尾蚴的全基因组扩增及简化基因组测序相关数据，涵盖实验方法验证、基因变异检测及初步群体结构分析结果，可支持血吸虫病监测中的感染源追溯、耐药性监测等研究，共含13个文件。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：S4Table.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：推测为研究中的补充表格数据，可能包含样本信息、实验参数或初步分析结果（具体字段未提供）
- 处理脚本文件（.pl格式，共5个）
- 文件名称：var_sharing_sampling.pl、multi_cov_by_len.pl、proportion_het_v2.pl、check_radtag_from_sam.pl、cutgenome.v0.04.pl
- 文件格式：PL
- 字段映射介绍：用于基因变异共享分析、覆盖度计算、杂合度比例统计、RAD标签检查及基因组切割等数据处理的Perl脚本
- 变异数据文件（.vcf格式，共5个）
- 文件名称：all_samples.vcf、miracidia_missing25.vcf、schisto_align.merged.bam.realigned.bam.filtered-variants.vcf、all_miracidia.vcf、miracidia_all_samples_filtered_variable.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含不同过滤条件下的基因变异数据，涵盖全样本变异、缺失率≤25%的变异、比对后过滤的变异等
- 其他文件
- 文件名称：vcffilter
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：推测为用于过滤VCF文件的工具或脚本
- 文件名称：output.all.test1.gvcf
- 文件格式：GVCF
- 字段映射介绍：包含测试样本的基因组变异调用格式数据，可能用于后续合并分析
适用场景
- 血吸虫病传播监测: 利用基因变异数据追溯新感染源，支持传播链分析
- 耐药性监测研究: 通过基因组数据监测日本血吸虫的耐药相关基因变异
- 群体遗传学分析: 基于群体结构数据研究不同地理或宿主来源的血吸虫群体分化
- 基因组测序方法优化: 验证全基因组扩增结合ddRADseq技术在微量尾蚴DNA样本中的应用效果
- 寄生虫基因组学研究: 为日本血吸虫及其他吸虫类寄生虫的基因组研究提供方法参考与数据支持
