数据集概述
该数据集是Scigenex R库提供的示例数据集子集,包含基因、空间等相关数据文件,用于展示库内函数和类的使用方法,同时提供生成示例数据的代码文件。
文件详解
- 数据文件(.rda格式):共6个,包括pbmc3k_medium.rda、lymph_node_tiny_2.rda等,存储基因表达或细胞聚类相关数据
- 代码文件(.r格式):共2个,包括scigenex_example_spatial_file.R、scigenex_example_pbmc3k.R,为生成示例数据的代码
- 表格文件(.tsv格式):sctype.app.tsv,包含Tissue、Cell type、Marker_genes等字段,记录细胞类型与标记基因对应关系
- 数据文件(.rdata格式):GSM6281326_obj_gn.Rdata,存储基因相关数据
- 报告文件(.html格式):scigenex_report17b0bd159a3.html,可能为数据集相关分析报告
适用场景
- 生物信息学工具测试:用于验证Scigenex R库函数功能
- 单细胞数据分析教学:作为示例数据讲解细胞聚类、基因标记分析方法
- 空间转录组学研究:借助空间相关数据文件探索空间基因表达分析流程
- 细胞类型注释参考:通过.tsv文件中的标记基因信息辅助细胞类型注释工作