数据集概述
本数据集基于蒺藜苜蓿NPD基因家族突变体，通过选择重测序（S&R）方法分析宿主基因对68种苜蓿中华根瘤菌菌株的特异性影响。包含突变体根瘤菌群落频率、表型数据、参考基因组注释及分析代码，揭示NPD基因在宿主-根瘤菌互作中的非冗余作用及菌株依赖性效应。
文件详解
- 表型与群落数据文件
- 文件名称：
NPDMutantPhenoytpes_community_DRYAD.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录C68和Sm1021接种植物的表型数据，包含宿主基因型、根瘤数量、生物量等指标，关联根瘤菌群落特征
- 文件名称：
SingleStrain_phenotype_summary.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：单菌株接种实验的植物获益数据，含宿主基因型（A17/R108）、菌株信息及表型参数
- 根瘤菌频率与测序数据文件
- 文件名称：
R108_NPDmutants_C68_USDA1106_read_counts_dryad.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：R108突变体接种C68和USDA1106菌株的测序读长计数数据
- 文件名称：
C68_WT&NPDmutants_nodulestrainfreq.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：野生型及NPD突变体根瘤中68种根瘤菌菌株的频率分布数据
- 参考注释与分析代码文件
- 文件名称：
USDA1106reference_annotationV1toV2.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：USDA1106根瘤菌参考基因组V1到V2版本的注释信息
- 文件名称：
S&R3_PLATmutantanalysis_Dryad.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：选择重测序实验的突变体分析代码，用于处理根瘤菌群落数据
- 压缩包文件
- 文件名称：
Tables&Figures.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含研究相关的图表和补充表格数据
- 文件名称：
npd_gwas_final.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：NPD基因全基因组关联分析的最终结果数据
数据来源
论文“A select-and-resequence approach reveals strain-specific effects of Medicago nodule-specific PLAT-domain genes”
适用场景
- 植物-微生物互作研究：分析宿主NPD基因对根瘤菌菌株的特异性选择效应及基因组互作机制
- 分子遗传学研究：探究NPD基因家族在根瘤发育及固氮过程中的非冗余功能
- 微生物生态学研究：解析根瘤菌群落结构与宿主基因型的关联，揭示群落多样性维持机制
- 农业生物技术应用：为豆科植物-根瘤菌高效共生体系的遗传改良提供靶点数据
- 生物信息学方法开发：验证选择重测序技术在宿主-微生物互作研究中的应用价值
