数据集概述
本数据集聚焦蛇类视觉系统进化的分子机制，包含蛇类光转导基因的转录组、基因组及选择压力分析相关数据。通过测序7个蛇眼转录组，结合全基因组和靶向捕获测序数据，分析基因丢失及选择压力变化，为蛇类进化起源、光感受器转导的分子基础提供支撑。
文件详解
- Transcriptome Assemblies.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含7个蛇眼转录组组装数据，为光转导基因表达分析提供基础序列信息
- Sequence Alignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：光转导基因序列比对数据，用于后续选择压力分析的序列基础
- Draft Genome CDS.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：蛇类基因组编码序列（CDS）数据，支持基因结构及功能注释分析
- FDR Control Results.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：错误发现率（FDR）控制分析结果，用于验证选择压力分析的统计可靠性
- PAML Files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：PAML（Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood）分析输入文件，包含用于选择压力检测的进化模型参数设置
- PAML Results Tables.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：PAML分析结果表格，包含光转导基因选择压力（如正选择、放松选择）的统计数据
数据来源
论文“Shifts in selective pressures on snake phototransduction genes associated with photoreceptor transmutation and dim-light ancestry”
适用场景
- 蛇类视觉系统分子进化研究: 分析光转导基因的选择压力变化与蛇类光感受器转导的关联
- 基因丢失机制探究: 验证视紫红质激酶（GRK1）丢失等关键基因变化的进化背景
- 爬行动物光转导系统比较分析: 对比蛇类与其他爬行动物光转导基因的选择压力差异
- 生物信息学方法应用: 利用转录组、基因组数据及PAML等工具开展分子进化分析方法实践
- 视觉适应性进化研究: 探索蛇类从暗光祖先到光感受器转导的适应性分子机制
