数据集概述
本数据集包含Sumner团队提出的“squangles”方法相关的代码与模拟结果。squangles是适用于广义马尔可夫模型的系统发育四元组马尔可夫不变量，可在无需显式估计所有参数的情况下推断四元组。数据集包含实现代码与模拟结果文件，支持研究该方法在打破位点间恒定速率假设时的鲁棒性及改进方案验证。
文件详解
- SquangleCode.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含实现squangles方法的代码文件，支持在最小二乘框架中运行squangles，返回按置信度或内部边长加权的四元组，可作为超树和超网络方法的输入。
- completeSimulationResults.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含模拟数据集的完整结果，用于定量研究squangles对打破位点间恒定速率假设的鲁棒性，以及改进方案在存在不变位点时的性能提升效果。
适用场景
- 系统发育推断方法研究：验证squangles方法在广义马尔可夫模型下的性能，对比其与传统方法在碱基组成变化场景中的表现。
- 生物信息学算法开发：基于squangles代码实现扩展功能，如结合超树、超网络方法构建系统发育树。
- 模型假设鲁棒性分析：利用模拟结果数据，研究位点间速率变化对系统发育推断方法的影响。
- 不变位点改进方案验证：测试针对不变位点的squangles改进方法的有效性，优化系统发育推断准确性。
