数据集概述
本数据集为珊瑚共生藻科（Symbiodiniaceae）系统修订研究的配套数据，包含分子序列、系统发育分析输入文件、遗传与形态学分析代码及结果日志等，支撑对该科进化历史、多样性及与珊瑚共生关系的研究，涉及中生代约1.6亿年前的分化时间校准等关键结论。
文件详解
- 分子序列文件（.nexus格式）
- 文件名称：CurrentBiology_cob_Dinoflagellate_Orders.nexus、CurrentBiology_LSU_dinoflagellate_Orders.nexus、CurrentBiology_Suessialies_LSU_v3.nexus
- 文件格式：NEXUS
- 字段映射介绍：包含甲藻目（Dinoflagellate Orders）及苏斯藻目（Suessiales）的分子序列数据，涉及cob基因、LSU（大亚基核糖体RNA）序列等分类学分析核心数据
- 系统发育分析输入文件
- 文件名称：Suessiales_Beast_input_file_Figure 1.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：用于BEAST软件进行系统发育分析的输入配置文件，对应研究中Figure 1的分析内容
- 遗传分析代码与数据压缩包
- 文件名称：CurrentBiology_Fig3_genetic_data_and_r_code.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含支撑Figure 3的遗传数据及R语言分析代码，用于复现遗传多样性、分化时间校准等分析结果
- 形态学分析代码与数据压缩包
- 文件名称：CurrentBiology_Fig2_morphology_data_and_r_code.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含支撑Figure 2的形态学数据及R语言分析代码，用于复现形态学特征与分类学修订的关联分析
- 系统发育分析结果日志
- 文件名称：Suessialies_BEAST_1.log
- 文件格式：LOG
- 字段映射介绍：BEAST软件分析苏斯藻目的输出日志，包含进化树构建、分化时间估算等过程与结果数据
数据来源
论文“Systematic revision of Symbiodiniaceae highlights the antiquity and diversity of coral endosymbionts”
适用场景
- 珊瑚共生藻分类学研究：用于Symbiodiniaceae科及下属类群的系统分类修订与物种界定
- 生物进化时间校准分析：基于分子序列数据与BEAST分析结果，研究该科约1.6亿年前的分化时间及与珊瑚的共生进化关系
- 分子生态学研究：利用遗传数据探究该科共生藻的多样性、生态分布及与珊瑚宿主的互作机制
- 形态与分子数据整合分析：通过形态学与遗传分析代码，复现并拓展生物特征与分类地位的关联研究
- 珊瑚礁生态系统演化研究：支撑中生代珊瑚礁生态系统与共生藻协同进化的历史重建分析
