数据集概述
本数据集包含美国东南沿海平原4种蛙类的系统发育地理学研究数据，通过目标捕获技术获取同源基因座和线粒体基因组，结合36个地点的地理采样，用于评估系统发育地理一致性。数据覆盖核基因树、线粒体基因组、多基因座分析等多维度结果，是区域或类群中较全面的比较系统发育地理数据集之一。
文件详解
- 支持信息文档
- 文件名称：Barrow_TargetMS_March2018_SupportingInfo.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含研究相关的补充说明信息
- 代码文件
- 文件名称：Python_scripts.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含研究使用的Python分析脚本
- 探针文件
- 文件名称：Probes.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含目标捕获实验使用的探针序列
- 基因树文件
- 文件名称：RAxML_GeneTree_1allele.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含单等位基因的RAxML基因树结果
- 线粒体基因组文件
- 文件名称：Mitochondrial.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含组装的线粒体基因组数据
- 基因座选择文件
- 文件名称：ASTRAL2_Locus-Selection.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含ASTRAL2分析的基因座选择结果
- 四元法分析文件
- 文件名称：SVDQuartets.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含SVDQuartets分析结果
- 串联分析文件
- 文件名称：RAxML_Concatenated.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含RAxML串联分析结果
- 系统发育地理一致性因子文件
- 文件名称：PCFs.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含系统发育地理一致性因子计算结果
数据来源
论文“Targeted sampling and target capture: assessing phylogeographic concordance with genome-wide data”
适用场景
- 系统发育地理一致性评估: 分析不同物种间基因模式与生物地理区的对应关系
- 两栖动物基因结构研究: 比较美国东南沿海平原4种蛙类的遗传结构差异
- 目标捕获技术应用验证: 评估目标捕获在系统发育地理学研究中的实用性
- 生物地理屏障检验: 验证区域内主要河流流域和缝合带等生物地理屏障的遗传效应
- 物种自然史与遗传结构关联分析: 探究栖息地适应性等自然史特征对遗传结构的影响
