数据集概述
本数据集是论文“Systematic discovery of enzyme promiscuity in Escherichia coli using in vitro metabolomics”的补充表格集合，包含10个补充表格，涵盖大肠杆菌酶多态性研究中的代谢物注释、离子追踪结果、反应信息、菌株数据及富集分析等内容，为酶多态性的系统发现提供支撑。
文件详解
- 文件名称：
=SUPPL=promiscuity_tables.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含10个补充表格，各表格内容如下：
- Supplementary Table 1：基于精确质量与KEGG eco数据库匹配的代谢物离子注释
- Supplementary Table 2：仅考虑去质子化离子（33% FDR阈值）的204个离子追踪结果，含机器学习参数、分类器得分及数据库报道情况
- Supplementary Table 3：考虑所有离子（含加合物和未注释离子）的离子追踪结果，含机器学习参数、分类器得分及数据库报道情况
- Supplementary Table 4：Ecocyc数据库中91个测试案例的已知催化反应，区分已知多态性与特异性酶
- Supplementary Table 5：KEGG数据库中主要反应对及对应底物、产物的KEGG-ID
- Supplementary Table 6：手动校正前的完整反应化学计量学，含检测到的底物、产物、KEGG反应对匹配及辅因子信息
- Supplementary Table 7：手动校正的多态性反应集，含酶分配、EC编号比较及机制洞察
- Supplementary Table 8：ASKA库中用于His标签蛋白表达纯化的菌株信息，含OD600和蛋白浓度
- Supplementary Table 9：代谢物通路富集分析数据，比较新多态性活性反应物频率与KEGG大肠杆菌代谢物子集的代表性
- Supplementary Table 10：酶通路富集分析数据，比较影响高置信度注释意外离子追踪的酶频率与EcoCyc数据库中的代表性
数据来源
论文“Systematic discovery of enzyme promiscuity in Escherichia coli using in vitro metabolomics”
适用场景
- 酶多态性研究：分析大肠杆菌中酶的催化多态性及底物歧义性，探索酶功能扩展机制
- 代谢组学数据分析：利用代谢物离子注释、反应化学计量学数据开展体外代谢组学研究
- 酶反应机制研究：基于手动校正的多态性反应集，解析酶催化多态性的分子机制
- 菌株与蛋白表达研究：参考ASKA库菌株信息及蛋白浓度数据，支撑大肠杆菌蛋白表达实验设计
- 通路富集分析：通过代谢物和酶的通路富集数据，分析酶多态性对代谢通路的影响
