数据集概述
本数据集聚焦伯氏鹨（Anthus berthelotii）13个岛屿种群及近缘种草原鹨（Anthus campestris）的 toll-like receptor（TLR）基因变异，包含TLR1LA、TLR1LB、TLR3、TLR4、TLR21五个基因座的基因型、序列及种群分化数据，结合中性微卫星标记，用于探究进化过程中漂变与选择对免疫基因多样性的影响。
文件详解
- 基因型与序列文件（.fas格式，15个）
- 示例文件：TLR3_All Aberthelotii.fas、TLR21_All Acampestris.txt
- 内容：伯氏鹨及草原鹨的TLR基因核苷酸序列，包含种群特异性序列数据
- 文档说明文件（.docx格式，5个）
- 示例文件：README_for_TLR4_All_genotypes2015.docx
- 内容：各TLR基因座基因型数据的说明文档
- 种群分化数据文件（.csv格式，2个）
- 示例文件：Pipit TLR FST.csv、Pipit pairwise FST per msat locus.csv
- 字段：岛屿种群对、TLR基因座及微卫星位点的FST值（种群分化系数）
- 系统发育分析文件（.mts格式，5个）
- 示例文件：TLR4_new tree session.mts
- 内容：TLR基因的系统发育树分析会话文件
- 代码与序列文件（.txt格式，2个）
- 示例文件：code to get pairwise bottleneck distance between islands.txt、TLR21_All Acampestris.txt
- 内容：种群瓶颈距离计算代码及TLR基因核苷酸序列
数据来源
论文“Data from: Drift, not selection, shapes toll-like receptor variation among oceanic island populations”
适用场景
- 进化生物学研究: 分析漂变与选择对岛屿种群免疫基因多样性的影响
- 种群遗传学分析: 利用FST数据研究伯氏鹨岛屿种群的遗传分化模式
- 免疫基因进化研究: 探究TLR基因在脊椎动物先天免疫系统中的进化机制
- 保护生物学应用: 基于种群瓶颈和遗传多样性数据评估岛屿种群的保护状态
- 比较基因组学分析: 对比伯氏鹨与草原鹨的TLR基因序列差异
