数据集概述
本数据集包含蝌蚪虾（Triops newberryi）无参考基因组的转录组从头组装结果及初步差异基因表达分析数据。通过Illumina Hi-Seq 2000对实验室控制条件下、两种不同水质（原生与非原生）饲养的无节幼体蝌蚪虾进行RNA测序，获得3.65亿条50nt reads，组装得到约24.8M碱基对的转录组，预测出超10000个肽段，并进行基因本体分类及差异表达分析，识别出299个差异表达基因。
文件详解
- Horn_etal_Tnewberryi Transcriptome Annotations.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：蝌蚪虾转录组注释相关数据，可能包含转录本功能注释、基因本体（GO）分类等信息
- Tnewberry Transcriptome Cds Read Counts.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：蝌蚪虾转录组编码序列（CDS）的read计数数据，用于基因表达量分析
- Triops newberryi CateGOrizer Results.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：CateGOrizer工具对蝌蚪虾转录组基因进行GO分类的结果数据
- edgR_RScript.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：使用edgeR包进行差异基因表达分析的R语言脚本，包含数据分析流程及参数设置
数据来源
论文“De novo assembly of a tadpole shrimp (Triops newberryi) transcriptome and preliminary differential gene expression analysis”
适用场景
- 甲壳动物基因组学研究：为鳃足类甲壳动物（如Triops）的基因组研究提供基础转录组数据
- 环境适应性机制分析：通过差异基因表达数据，研究蝌蚪虾对不同水质环境的适应及应激响应机制
- 基因功能注释与分类：利用转录组注释及GO分类结果，解析蝌蚪虾早期生命阶段的基因功能
- 转录组数据分析方法参考：通过R脚本学习edgeR包在无参考转录组差异表达分析中的应用
- 水生生物分子生态学研究：为水生无脊椎动物的环境适应分子机制研究提供数据支持
