数据集概述
本数据集包含对塞尔维亚东部Vrtovać地区9个Triturus蝾螈样本（含T. arntzeni模式标本及副模式标本）的核基因数据，通过二代测序获取52个标记。数据与当地4种冠螈参考序列对比，分析样本遗传成分，为物种分类提供依据。
文件详解
- 原始数据文件
- 文件名称：1 - FASTQ_IonTorrent.zip
- 文件格式：ZIP（含FASTQ）
- 字段映射介绍：IonTorrent测序平台生成的原始测序数据
- 序列重建文件
- 文件名称：8 - Reconstructed_sequences_FASTA.zip
- 文件格式：ZIP（含FASTA）
- 字段映射介绍：重建后的序列数据
- SNP报告文件
- 文件名称：3 - VCF_raw_SNP_reports.zip
- 文件格式：ZIP（含VCF）
- 字段映射介绍：原始SNP检测报告
- 文件名称：4 - Filtered_SNP_report.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：过滤后的SNP信息报告
- 基因型数据文件
- 文件名称：6 - Genotypic_data.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：样本基因型数据记录
- 测序读数统计文件
- 文件名称：5 - Number_reads.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：各样本测序读数统计
- 等位基因数据文件
- 文件名称：7 - Allelic_variants.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：等位基因变异信息
- 文件名称：13 - Alle_proportion.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：等位基因比例统计
- 群体结构分析输入文件
- 文件名称：9 - BAPS_input.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BAPS分析输入数据
- 文件名称：10 - Structure_input.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：Structure分析输入数据（含abl_1、ace_1等标记）
- 群体结构分析输出文件
- 文件名称：11 - BAPS_Structure_output.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：BAPS和Structure分析结果
- 杂交分析输入文件
- 文件名称：12 - NewHybrids_input.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：NewHybrids分析输入数据
数据来源
论文“Kicking Triturus arntzeni when it's down: large-scale nuclear genetic data confirm that newts from the type locality are genetically admixed”
适用场景
- 蝾螈物种分类学研究: 通过遗传数据确定T. arntzeni模式产地样本的物种归属及分类地位
- 杂交种群遗传分析: 分析Vrtovać地区Triturus蝾螈的遗传混合程度及杂交历史
- 濒危物种保护评估: 为Triturus蝾螈物种保护提供遗传背景数据
- 二代测序在分类学中的应用验证: 探索二代测序技术对降解模式标本DNA的分析能力
- 群体遗传学研究: 分析不同冠螈物种的基因流及种群结构
