Trp-Cage蛋白构象二面角模拟数据集-2011-tobiasle
数据来源：互联网公开数据
标签：Trp-Cage,蛋白构象,分子动力学模拟,二面角,科学实验,科研,数据
数据概述：
本数据集包含150万个Trp-Cage蛋白的构象，这些构象来自分子动力学模拟。每个构象在二面角空间中描述，包含该蛋白的全部38个主链二面角。数据集中的构象是在温度 replica exchange 模拟方案下采样得到的，因此不同温度下的构象也被记录在数据集中。此外，为了便于分析，每个构象与其天然折叠结构和完全α-螺旋结构相比的C-alpha均方根偏差（RMSD）也被包含在数据集中。
数据用途概述：
该数据集适用于分子动力学模拟分析、蛋白构象研究、药物设计及生物物理研究等多种场景。研究人员可以利用该数据集进行分子构象的降维分析和生成；药物设计人员可以使用数据集中的构象信息来优化药物分子与蛋白的作用；生物物理学者可以基于这些数据研究蛋白的动态行为和稳定性。该数据集为蛋白构象分析提供了重要的实验基础和数据支持。
如果使用本数据集，请引用以下文献：
Lemke, Tobias, and Christine Peter. "EncoderMap: Dimensionality Reduction and Generation of Molecule Conformations." Journal of chemical theory and computation (2019).
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00975
