数据集概述
本数据集为托兰普侏儒壁虎(Lygodactylus tolampyae)分类修订研究的原始数据,包含形态学原始数据、标本元数据及DNA数据的比对文件和树文件,支持对该物种复合体的分类学分析。
文件详解
该数据集包含11个文件,具体说明如下:
- 核心数据文件:
- Lygodactylus_tolampyae_master_table_07April2024_Zenodo.xlsx: Excel格式,可能包含形态学原始数据和标本元数据
- Lygodactylus_tolampyae_final_July2023_16S_aligned_withfull16S_CUT_MolD_red.fas、Lygodactylus_tolampyae_16S_final_aligned.fas: FAS格式,16S rDNA序列比对文件
- Lygodactylus_tolampyae_16S_uncorrected_distances_mtDNA_lineages.tsv: TSV格式,16S序列未校正遗传距离数据,包含各谱系间的距离值
- Lygodactylus_tolampyae_aligned_for_TaxI2.tsv: TSV格式,TaxI2分析用16S序列比对数据,字段包括seqid(序列ID)、species(物种)、sequence_16S(16S序列)
- ASAP_Lygodactylus_tolampyae_16S.spart: SPART格式,ASAP物种划分分析结果文件
- RAxML_bipartitions.tolampyae_16S_final_aligned.tre、RAxML_bestTree.tolampyae_16S_final_alignedB.tre: TRE格式,RAxML构建的系统发育树文件
- 分析与可视化文件:
- ASAP_Lygodactylus_tolampyae_16S.svg: SVG格式,ASAP分析结果可视化图表
- Lygodactylus_tolampyae_mtDNA_lineages_MolD_molecular_diagnosis.html: HTML格式,线粒体DNA谱系分子诊断报告
- 补充文档:
- Supplementary_Tables_S1_S2.pdf: PDF格式,补充表S1和S2,提供额外研究数据
适用场景
- 爬行动物分类学研究: 用于托兰普侏儒壁虎物种复合体的分类修订与新物种鉴定
- 分子系统学分析: 支持基于16S rDNA序列的系统发育关系重建与遗传距离分析
- 生物多样性研究: 分析马达加斯加侏儒壁虎的物种多样性与谱系分化模式
- 分类学方法验证: 测试ASAP等物种划分工具在形态隐存种识别中的应用效果