数据集概述
本数据集为2020年8月至2021年8月南加州8个污水处理厂275份进水样本的纵向宏转录组测序数据，覆盖约1600万人口。数据包含微生物转录信息，涉及细菌、病毒、古菌的分类单元、代谢通路及2000余种抗生素耐药基因（AMR），可反映人群相关微生物的活性、耐药性及地理特征。
文件详解
- README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含分类单元、代谢通路或AMR基因的计数说明，涉及古菌物种、细菌物种、病毒物种、细菌属、细菌科、抗生素耐药性ARO术语、HUMANN3通路TPM值等内容。
- supplemental_file_taxa_counts.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含各类微生物分类单元（古菌、细菌、病毒的物种/属/科）、AMR基因及代谢通路的具体计数数据。
数据来源
论文“Longitudinal metatranscriptomic sequencing of Southern California wastewater representing 16 million people from August 2020-21 reveals widespread transcription of antibiotic resistance genes”
适用场景
- 公共卫生监测: 通过废水微生物转录数据监测人群相关病原体、耐药基因的流行趋势。
- 抗生素耐药性研究: 分析AMR基因的转录丰度变化及与新冠疫情期间抗生素使用的关联。
- 微生物代谢通路分析: 研究废水微生物的核心碳代谢、核苷酸合成等关键代谢通路活性。
- 公共卫生地理特征研究: 对比不同污水处理厂数据，挖掘微生物转录的地理分布特征。
- 水质监测生物标志物开发: 基于废水普遍存在的病毒和细菌，开发微生物水质评估新靶点。
