数据集概述
本数据集围绕百年福尔马林固定/液浸蛇类标本的系统基因组学研究展开,包含通过改良DNA提取 protocol 结合高通量测序获得的遗传数据,以及标本信息、实验方案、系统发育分析结果等相关文件,可支持博物馆标本在现代系统发育研究中的应用验证。
文件详解
- 数据压缩包
- 文件名称:all_snakes_dataset1_informative_sites.inf.taxon.zip、ESM3_Phylips&trees.zip、contigs.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含蛇类标本的信息位点数据集、系统发育分析相关的Phylips文件与树文件、基因组组装的contigs序列等核心研究数据
- 标本与文库制备表
- 文件名称:Final_Specimen&LibraryPrep.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:记录标本信息及文库制备的详细数据,支撑实验过程的可追溯性
- 提取方案文档
- 文件名称:Extraction_protocol_Jan26_2017.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:包含改良的DNA提取实验方案,为类似标本的遗传数据获取提供方法参考
数据来源
论文“Phylogenomics using formalin-fixed and 100+ year old intractable natural history specimens”
适用场景
- 博物馆标本遗传数据恢复技术研究: 验证改良DNA提取 protocol 对福尔马林固定标本的适用性
- 蛇类系统发育分析: 结合百年标本与现代样本的遗传数据构建系统发育树,探究物种演化关系
- 珍稀蛇类物种分类研究: 支持如印度Xylophis stenorhynchus等罕见蛇类的系统发育位置解析
- 生物多样性研究: 挖掘博物馆标本在现代生物多样性研究中的应用价值