数据集概述
本数据集为JTI（联合组织转录组整合）方法在GWAS（全基因组关联研究）中的应用数据，包含26个CSV文件和1个Excel描述文件，记录了不同表型（如肌酐、类风湿性关节炎、血糖等）在对应组织中的基因关联分析结果，可用于基因与表型关联的研究与验证。
文件详解
- 描述文件
- 文件名称：GWAS_application_description.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：未提供具体字段信息，推测为数据集的应用说明文档
- 数据文件（CSV格式，共26个）
- 文件名称示例：Creatinine_xt_Muscle_Skeletal.csv、Rheumatoid_st_Whole_Blood.csv、glucoseq_xt_Pancreas.csv等
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含gene（基因ID）、gene_name（基因名称）、zscore（Z值）、effect_size（效应量）、pvalue（P值）、var_g（基因方差）、pred_perf_r2（预测性能R²）、pred_perf_pval（预测性能P值）、pred_perf_qval（预测性能Q值）、n_snps_used（使用的SNP数量）、n_snps_in_cov（协变量中的SNP数量）、n_snps_in_model（模型中的SNP数量）等字段
数据来源
Zenodo（DOI: 10.5281/zenodo.3884387）及论文“A unified framework for joint-tissue transcriptome-wide association and Mendelian randomization analysis”
适用场景
- GWAS结果验证：利用JTI方法的分析结果验证基因与表型的关联
- 基因表达与表型关联研究：通过不同组织中基因的zscore、effect_size等指标分析基因对表型的影响
- 转录组整合方法评估：评估JTI方法在多组织转录组数据整合中的性能
- 复杂疾病基因机制研究：针对类风湿性关节炎、血糖等表型，探索其潜在的分子机制
- 生物标志物筛选：基于基因的预测性能指标筛选表型相关的生物标志物
