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Oatk_Based植物细胞器基因组从头组装工具配套数据
数据集概述 本数据集包含195个植物细胞器基因组组装数据，涵盖24种单子叶植物、154种真双子叶植物、16种苔藓和1种苔类。数据由Sanger Institute的生命之树项目（主要来自达尔文生命之树项目）生成，用于支持论文“Oatk: a de novo assembly tool for complex plant organelle...
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Priority_effects_微生物元群落跨代实验数据
数据集概述 本数据集源于关于花蜜微生物元群落优先效应的实验研究，聚焦于粘性猴花（Mimulus aurantiacus）花蜜中的细菌和酵母菌，通过实验操纵初始微生物优势类群，探究优先效应对多代花（作为局域栖息地）微生物群落共存的长期影响。数据集包含2个文件，记录了实验相关的序列和表格数据。 文件详解 文件名称：AppendixS4.fasta...
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软体动物_5S_rDNA基因家族_转录调控区与进化分析数据
数据集概述 本数据集为软体动物5S rDNA基因家族研究的补充数据，涵盖双壳类、腹足类和头足类等物种的5S rDNA序列分析结果，重点研究贻贝科物种的转录调控区保守性、二级结构预测及长期进化模式，识别出不同类型的非转录间隔区及假基因拷贝，支持软体动物5S rDNA基因家族的进化机制研究。 文件详解 文件名称：README_for_Sequence...
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MARV_Genomic_Based密码子使用进化分析数据
数据集概述 本数据集为马尔堡病毒（MARV）基因组密码子使用模式的分析数据，包含病毒全核苷酸序列及密码子分析结果。通过多种分析方法探究突变压力、自然选择及宿主（人类、埃及果蝠）对MARV密码子使用的影响，揭示其进化机制，共包含2个文件。 文件详解 文件名称：marburg.full.nucleotide.txt 文件格式：TXT...
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Dataset_manuscript_生物基因数据集手稿数据
数据集概述 本数据集包含生物基因相关的手稿数据，涵盖基因序列比对、系统发育树及原始数据等内容。共8个文件，涉及FASTA、TRE、XLSX、GENEIOUS四种格式，主要用于生物信息学领域的基因数据处理与分析。 文件详解...
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BAGpipe_Source_植物DNA条形码分类鉴定流程数据
数据集概述 本数据集包含用于大规模生物多样性评估的自动化DNA条形码植物鉴定流程相关数据，涉及数据库构建、序列聚类、系统发育重建等步骤，以psbA-trnH标记为研究对象，结合系统发育与表型方法优化分类鉴定流程，并通过尼加拉瓜季节性干旱森林样本验证了方法的高效性与可靠性。 文件详解 README_for_BAGpipeAlignments.txt...
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Avian_influenza_virus_生物学基因序列数据
数据集概述 本数据集包含禽流感病毒（AIV）相关的基因序列数据，以FASTA格式压缩存储，核心文件为aiv-rate-heterogeneity-v1.1.zip。数据聚焦生物学基因领域，未划分训练/测试、数据/标签或原始/处理集，仅含一个压缩文件，无额外目录层级。 文件详解 文件名称：aiv-rate-heterogeneity-v1.1.zip...
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HiBC人类肠道细菌16S_rRNA基因序列数据20240620
数据集概述 本数据集包含人类肠道细菌集合（HiBC）中分离菌株的16S rRNA基因序列，涵盖已知细菌及待分类命名的新物种菌株。序列以FASTA核苷酸格式存储，通过Sanger测序技术或基因组序列提取获得，为微生物研究社区提供标准化基因序列资源。 文件详解 文件名称：HiBC_16S_rRNA_gene_sequences_20240620.zip...
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HiBC_Based人类肠道细菌基因组序列数据集20240717
数据集概述 本数据集为人类肠道细菌集合（HiBC）的基因组序列数据，包含从人类肠道分离的细菌菌株的16S rRNA基因序列、基因组序列及培养条件，涵盖已知细菌及新物种菌株，定期更新。本次提供的是FASTA核苷酸格式的基因组序列压缩包，质粒序列位于文件末尾，已修正前期错误及分类学拼写问题。 文件详解...
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Evaluation_蜘蛛RNA保存方法对转录组组装影响评估数据
数据集概述 本数据集为蜘蛛RNA保存方法对从头转录组组装影响的评估研究数据，包含3个文件。研究针对野外采集蜘蛛样本，测试不同温度、防腐剂及样本浸没状态对RNA质量及转录组组装结果的影响，为非模式生物（如蜘蛛）的野外样本保存提供指导。 文件详解 文件名称：18S_all_comp.fasta 文件格式：FASTA...
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Helianthus_Based_二倍体向日葵属系统发育研究数据
数据集概述 本数据集包含二倍体向日葵属（Helianthus）物种树估计的相关数据，基于37个物种/亚种的103个样本，通过目标富集技术获取170个基因进行系统发育分析。数据涵盖合并与联合分析结果，支持向日葵属三大分支（一年生分支、两个多年生分支）的划分，为研究该属进化、生态过程及形态特征演变提供基础。 文件详解...
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OGRDB_Based小鼠DBA_1J品系IGLV种系参考数据集
数据集概述 本数据集为小鼠DBA/1J品系的IG受体种系参考数据，发布于Open Germline Receptor Database（OGRDB），包含DBA/1J IGLV的种系序列及相关文件，共4个文件，支持免疫受体基因组的研究与分析。 文件详解 数据文件（.fasta格式） 文件名称：1J...
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OGRDB_Based_人类IGH_VDJ免疫受体种系参考数据集
数据集概述 本数据集是发布于Open Germline Receptor Database（OGRDB）的人类IGH_VDJ免疫受体种系参考集，包含7个文件，涵盖FASTA格式的序列文件、JSON格式的元数据文件及许可说明文件，为免疫受体相关研究提供标准化参考数据。 文件详解 许可文件 文件名称：licence.txt 文件格式：TXT...
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M_roreri_Based可可病原菌交配基因与繁殖方式研究数据
数据集概述 本数据集围绕可可病原菌Moniliophthora roreri的交配基因与繁殖方式展开，包含该菌A/B交配位点的基因序列比对、系统发育分析用ITS序列比对及微卫星标记数据，用于支持其虽具有双等位基因交配位点但以克隆方式繁殖的研究结论，涉及47株全球地理分布菌株的遗传分析。 文件详解 Gblocks alignment of...
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基于差异性渗入的野生小麦杂交区逆转录转座子基因渗入与重组研究数据
数据集概述 本数据集围绕野生小麦（Aegilops geniculata与Aegilops triuncialis）杂交区的逆转录转座子展开，包含实验与自然杂交种群的基因数据，旨在分析生殖隔离机制下逆转录转座子的基因渗入模式与基因组重组特征，为物种完整性维持研究提供支持。 文件详解 文件名称：SampleCode.xlsx 文件格式：XLSX...
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OGRDB_Based_AKR_J小鼠IGLV受体种系参考数据集
数据集概述 本数据集是发布于开放种系受体数据库（OGRDB）的小鼠AKR/J亚群IGLV受体种系参考集，包含4个相关文件，涵盖种系序列的带间隙、无间隙FASTA格式文件、JSON格式数据及许可文件，为免疫受体序列分析提供标准化参考数据。 文件详解 J IGLV_rev_1_gapped.fasta 文件格式：FASTA...
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Amblypygi_Based鞭蛛全球系统发育与DNA序列研究数据
数据集概述 本数据集为鞭蛛（Amblypygi）全球系统发育研究相关数据，包含DNA序列比对、UCE序列比对及说明文档，支持鞭蛛分子系统发育分析、分化时间估算等研究，共5个文件，覆盖3种文件格式。 文件详解 README.docx 文件格式：DOCX 字段映射介绍：数据集说明文档，包含研究背景、数据采集与处理方法、文件内容说明等信息...
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Sergestidae_虾科基因比对与系统发育树分子系统学研究数据
数据集概述 本数据集包含Sergestidae虾科的单基因与多基因比对文件及系统发育树文件，用于构建该科虾类的属级系统发育树，研究生物发光器官形态多样性的演化及属间关系。数据来自13个新属的约87个个体，涵盖线粒体基因组数据及核基因、线粒体基因的Sanger测序结果，共43个文件。 文件详解 基因比对文件...
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Felidae_Based_富集条件对猫科动物DNA捕获影响研究数据
数据集概述 本数据集围绕富集条件对猫科动物线粒体DNA捕获效果的影响展开，通过杂交捕获技术结合高通量测序，评估不同杂交温度对新鲜、档案及古代样本捕获成功率的作用，为优化非模式物种及降解样本的DNA捕获方案提供数据支持。 文件详解 Tree-files.zip 文件格式：ZIP 内容说明：包含与实验相关的树文件压缩包 LSE-...
