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标签: Gromacs

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  • GMX_lipid17力场的Gromacs移植数据集

    2025年12月14日 30 120 18

    数据集概述 本数据集是Amber LIPID17力场向Gromacs平台的移植版本，包含力场文件、拓扑文件及自定义PI头基团文件，支持用户通过Charmm-GUI构建脂质 bilayer并转换原子名称，保留了原力场的模块化特性以自定义头基团或酰基链。 文件详解 文件名称: gmx_lipid17.ff.zip 文件格式: ZIP压缩包 包含内容:...
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  • 不同分子量聚己内酯熔体粗粒化模拟数据集

    2025年12月12日 30 110 79

    数据集概述 本数据集包含不同分子量（10、30、50、100、125个单体）聚己内酯（PCL）熔体的粗粒化分子动力学模拟结果，采用迭代玻尔兹曼反演方法构建相互作用势，模拟条件为500K恒温、1巴恒压。 文件详解 文件名称：CG_systematic_PCL_melt.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip）...
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  • Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据

    2025年12月6日 30 127 107

    数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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  • Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据

    2025年12月6日 30 128 40

    数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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  • PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据

    2025年12月6日 30 111 37

    数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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