-
TMBS_Input_Based_热响应性LCST离子液体RESP计算输入数据
2026年1月20日 30 124 10
数据集概述 本数据集为论文"Modeling and Elucidating the Behavior of a Thermoresponsive LCST Ionic-Liquid"中TMBS的RESP计算所需输入文件，用于复现论文结果。数据集仅包含一个压缩文件，支持使用Gromacs 2023.1版本进行模拟。 文件详解 压缩文件...
-
Aldeghi_Based_药物分子绝对自由能计算Gromacs文件_2016
2026年1月19日 0 118 106
数据集概述 本数据集为使用Gromacs进行药物分子绝对结合自由能计算的文件集合，源自Aldeghi等人2016年发表的相关研究。数据以压缩包形式提供，包含四个子目录和说明文档，可支持自由能计算方法的验证、复现及对比研究。 文件详解 文件名称：Aldeghi-et-al-chemical-science-2016.zip 文件格式：ZIP...
-
UA_PMFs_silver_zero_valent_Based_零价银纳米颗粒生物纳米相互作用联合原子参数数据
2025年12月27日 30 69 66
数据集概述 本数据集提供用于零价银纳米颗粒生物纳米相互作用多尺度建模的联合原子参数，包含碳水化合物、脂质片段和氨基酸侧链的短程表面吸附势表格式数据。数据通过AWT-MetaD（Gromacs/Plumed）计算，基于INTERFACE/CHARMM36力场，为相关分子模拟研究提供参数支持。 文件详解...
-
MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据
2025年12月21日 30 98 20
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
-
GMX_lipid17力场的Gromacs移植数据集
2025年12月14日 30 22 13
数据集概述 本数据集是Amber LIPID17力场向Gromacs平台的移植版本，包含力场文件、拓扑文件及自定义PI头基团文件，支持用户通过Charmm-GUI构建脂质 bilayer并转换原子名称，保留了原力场的模块化特性以自定义头基团或酰基链。 文件详解 文件名称: gmx_lipid17.ff.zip 文件格式: ZIP压缩包 包含内容:...
-
不同分子量聚己内酯熔体粗粒化模拟数据集
2025年12月12日 30 13 6
数据集概述 本数据集包含不同分子量（10、30、50、100、125个单体）聚己内酯（PCL）熔体的粗粒化分子动力学模拟结果，采用迭代玻尔兹曼反演方法构建相互作用势，模拟条件为500K恒温、1巴恒压。 文件详解 文件名称：CG_systematic_PCL_melt.zip 文件格式：ZIP压缩包（.zip）...
-
Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据
2025年12月6日 30 123 24
数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
-
Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据
2025年12月6日 30 147 25
数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
-
PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据
2025年12月6日 30 76 73
数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
