数据集概述
该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。
文件详解
- 分子动力学参数与拓扑文件：
- ions.itp、lipid.itp、ffgmxbon.itp、ff_dum.itp：ITP格式的分子拓扑与力场参数文件，定义离子、脂质等分子的结构与相互作用
- md.mdp：MD格式的模拟参数文件，记录模拟的温度、时间步长等设置
- topol.top：TOP格式的系统拓扑总文件，整合各组件的拓扑信息
- 模拟输入与输出文件：
- md.gro：GRO格式的初始结构文件
- md.tpr：TPR格式的预处理器输出文件，用于Gromacs模拟执行
- md.xtc、protonated.xtc：XTC格式的模拟轨迹文件，存储原子坐标随时间的变化
- md.edr：EDR格式的能量文件，记录模拟过程中的能量数据
- 分析结果文件：
- cl_density.xvg、dppc_density.xvg、na_density.xvg：XVG格式的密度数据文件，分别对应氯离子、DPPC、钠离子的密度统计
- orderparameters.xvg：XVG格式的序参数数据文件
- density.png：PNG格式的密度分析结果图片
数据来源
Peter Tieleman实验室（http://wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads）
适用场景
- 生物物理研究：分析盐离子对DPPC双层膜结构与动力学特性的影响
- 分子模拟方法验证：验证Berger-DPPC-98力场在含离子环境下的模拟效果
- 膜生物学研究：探究盐浓度对生物膜密度、序参数等物理性质的调控机制
- 计算生物学教学：作为分子动力学模拟实践的案例数据，学习Gromacs软件的使用与结果分析
