数据集概述
本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。
文件详解
- 模拟轨迹文件:
- md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息
- protonated.xtc: 轨迹文件，可能为质子化状态的模拟轨迹
- 模拟参数与配置文件:
- md.tpr: Gromacs运行输入文件，包含拓扑和参数信息
- topol.top: 拓扑文件，定义系统分子结构
- md.mdp: 模拟参数文件，设置动力学模拟条件
- md.edr: 能量数据文件，存储模拟过程中的能量等状态信息
- md.gro: 结构文件，记录系统的初始或某一时刻的原子坐标
- 拓扑包含文件:
- dppc.itp: DPPC分子的拓扑包含文件
- lipidopls.itp: 脂质OPLS力场参数文件
- ions_s.itp: 缩放离子的拓扑包含文件
- ffgmx2.hdb: 力场数据库文件
- 分析结果文件:
- orderparameters.xvg: XVG格式文件，存储序参数数据
- na_density.xvg: XVG格式文件，存储钠离子密度数据
- cl_density.xvg: XVG格式文件，存储氯离子密度数据
- dppc_density.xvg: XVG格式文件，存储DPPC密度数据
- density.png: PNG格式图片，展示密度分析结果
适用场景
- 生物物理研究: 分析DPPC双层膜在盐溶液中的结构与动力学特性
- 分子模拟方法验证: 评估Berger-DPPC-06力场在带电环境下的模拟效果
- 膜生物物理分析: 研究离子电荷缩放对膜-离子相互作用的影响
- 生物膜特性研究: 探究盐浓度对磷脂双层膜密度、序参数等物理性质的调控机制
