数据集概述
本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。
文件详解
- 模拟核心文件：
- md.xtc、protonated.xtc：轨迹文件（.xtc格式），记录分子动力学模拟过程中粒子的坐标变化
- md.edr：能量数据文件（.edr格式），存储模拟过程中的能量相关数据
- md.gro：结构文件（.gro格式），包含模拟系统的原子坐标和拓扑信息
- md.tpr：预处理器输出文件（.tpr格式），Gromacs模拟的输入文件
- md.mdp：参数文件（.mdp格式），定义模拟的参数设置
- topol.top：拓扑文件（.top格式），描述系统的分子拓扑结构
- 力场与拓扑文件：
- dppc.itp、lipidopls.itp、ions_s.itp：拓扑包含文件（.itp格式），分别定义DPPC、脂质力场及离子的拓扑参数
- ffgmx2.hdb：力场数据库文件（.hdb格式），提供力场相关的原子类型等信息
- 分析结果文件：
- dppc_density.xvg、cl_density.xvg、na_density.xvg：密度数据文件（.xvg格式），记录DPPC、氯离子、钠离子的密度分布
- orderparameters.xvg：序参数数据文件（.xvg格式），存储脂质分子的序参数信息
- density.png：密度分析图（.png格式），可视化密度相关分析结果
适用场景
- 生物物理研究：分析DPPC双层膜在含氯化钠溶液中的结构与动态特性
- 分子动力学模拟方法验证：基于OPLS-AA力场的模拟结果验证与方法改进
- 膜-离子相互作用研究：探究钠离子、氯离子与磷脂双分子层的相互作用机制
- 生物膜物理特性分析：研究盐浓度对膜密度、厚度、序参数等物理特性的影响
