数据集概述
本数据集为多年度高通量测序研究中的批次效应案例数据，涉及阿尔卑斯羱羊（Capra ibex）基因组分析。因测序读长变化与种群样本增量加入的非随机分布，导致数据产生假阳性选择信号。数据集包含变异位点文件、过滤工具及解复用文件，可用于研究批次效应对测序结果的影响及校正策略。
文件详解
- 文件名称：outlier.snps.C.ibex.batch.effects.recode.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含阿尔卑斯羱羊因批次效应产生的异常SNP位点信息，记录变异位点的基因组位置、等位基因等核心变异数据
- 文件名称：VCF_filterPolym.Lischer.H.E.L.jar
- 文件格式：JAR
- 字段映射介绍：用于VCF文件多态性过滤的工具程序，支持对测序变异数据进行质量控制与筛选
- 文件名称：demultiplexing.file.Alpine.ibex.Capra.ibex.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：阿尔卑斯羱羊测序样本的解复用文件，记录样本与测序数据的对应关系及相关元信息
数据来源
论文“Batch effects in a multi-year sequencing study: false biological trends due to changes in read lengths”
适用场景
- 基因组学批次效应分析：研究高通量测序中读长变化等技术因素对变异检测结果的影响
- 假阳性选择信号识别：验证多年度测序项目中因批次效应产生的假生物选择信号
- 测序数据质量控制：利用过滤工具优化VCF变异数据的准确性
- 多组学数据整合策略研究：探索长期测序项目中批次效应的校正方法与数据合并方案
