数据集概述
本数据集为禾本科芦竹亚科（Arundinoideae）系统发育研究相关数据，包含12个文件，涉及全质体组序列比对、系统发育树构建结果、贝叶斯分析输入文件及相关日志等，用于解析芦竹亚科的多系性及扭曲膝状稃芒的演化规律。
文件详解
- 质体组序列比对文件
- 文件名称：plastomes_aligned2.fsa、allgaps_alignment.fsa、halfgaps_alignment.fsa、nogaps_alignment.fsa
- 文件格式：.fsa
- 字段映射介绍：包含不同间隙处理方式的全质体组序列比对数据，用于系统发育分析的基础输入。
- 系统发育树构建结果文件
- 文件名称：MrBayesTree.tre、allgaps_mltree_combined.trees.txt
- 文件格式：.tre、.txt
- 字段映射介绍：分别为贝叶斯方法和最大似然法构建的系统发育树结果，记录类群间的亲缘关系。
- 最大似然分析输出文件
- 文件名称：RAxML_bipartitions.plastomes_aligned2.fsa.raxml.out、RAxML_bipartitions.allgaps_alignment.fsa.raxml.out、RAxML_bipartitions.halfgaps_alignment.fsa.raxml.out、RAxML_bipartitions.nogaps_alignment.fsa.raxml.out
- 文件格式：.out
- 字段映射介绍：RAxML软件进行最大似然分析的输出结果，包含分支支持率等信息。
- 贝叶斯分析输入文件
- 文件名称：BEAST_infile.xml
- 文件格式：.xml
- 字段映射介绍：BEAST软件进行贝叶斯系统发育分析的参数设置与输入文件。
- 系统发育分析日志文件
- 文件名称：allgaps_mltree_combined.log.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：记录最大似然分析过程中的状态、后验概率、先验概率、似然值、根高度、类群分化时间等参数信息。
适用场景
- 禾本科系统分类研究：用于解析芦竹亚科的分类地位及类群间的亲缘关系。
- 植物性状演化分析：探究扭曲膝状稃芒这一生态重要性状的起源与演化模式。
- 系统发育方法比较：对比不同间隙处理方式、不同系统发育分析方法（贝叶斯、最大似然）的结果差异。
- 植物分子进化研究：基于质体组序列数据，分析禾本科类群的分子进化速率与分化时间。
