数据集概述
本数据集为论文“Gene Regulatory Network inference in long lived C.elegans reveals modular properties that are predictive of novel ageing genes”的补充信息，包含年轻成年野生型秀丽隐杆线虫的物理基因互作数据，手动整理自289个数据集的239,001条调控互作，涉及126个基因和495个转录因子，用于支持长寿线虫基因调控网络推断及衰老基因预测研究。
文件详解
- TableS1_datasets_for_prior.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含作为物理基因互作或转录因子-基因互作来源的数据集信息，字段包括Genotype（基因型）、Age（年龄）、Strain（品系）、Perturbation type（扰动类型）、Data type（数据类型）、Data source（数据源）、Source（文献来源）、Comments（备注）
- TableS2_physical_priors.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含三个工作表：
- ChIPATAC：来自modERN及GSE28350、GSE81521的115个L4或年轻成年线虫ChIP-seq数据集的物理转录因子-基因互作
- eY1HATAC：来自Fuxman Bass等2016年eY1H实验的3,501条转录因子-基因互作
- motifATAC：来自CiS-BP数据库的202个转录因子DNA识别基序，通过RTFBSDB R包获取
- TableS3_WT_functional_priors.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含用于验证推断网络的野生型功能敲低数据，字段包括regulator（调控因子）、target（靶基因）
数据来源
论文“Gene Regulatory Network inference in long lived C.elegans reveals modular properties that are predictive of novel ageing genes”
适用场景
- 基因调控网络构建：利用物理基因互作数据构建年轻成年秀丽隐杆线虫的基因调控网络模型
- 衰老相关基因预测：结合调控网络的模块化特性，预测长寿线虫中的新型衰老基因
- 转录因子功能研究：分析转录因子-基因互作关系，探究转录因子在衰老调控中的作用机制
- 基因互作验证：使用野生型功能敲低数据验证推断的基因调控网络准确性
- 线虫分子生物学研究：为秀丽隐杆线虫基因功能、信号通路分析提供物理互作参考数据
