数据集概述
本数据集为论文“Computational study of the dissolution of cellulose into single chains: the role of the solvent and agitation”的补充材料，包含模拟研究所需的输入脚本与数据文件，涉及纤维素链结构构建、溶剂系统配置及分子动力学模拟流程相关文件，支持复现纤维素在不同溶剂和搅拌条件下溶解的计算实验。
文件详解
- 文件夹：glycamstructures
- 内容说明：存储GLYCAM碳水化合物构建器输出文件，包含由4个纤维二糖单元组成的纤维素单链的力场参数、坐标及拓扑结构
- 文件夹：intermol
- 内容说明：存储Intermol软件输出文件，将glycamstructures文件夹内容转换为LAMMPS软件兼容格式
- 文件夹：packmol
- 内容说明：存储Packmol软件输入文件，用于创建纤维素与水、纤维素与混合溶剂体系的坐标文件；含bash脚本clean.sh，用于修正.xyz文件格式以适配LAMMPS
- 文件夹：36bundle
- 内容说明：存储36链迷宫构型初始配置相关文件，包括36bundle.sh（读取1chain.xyz生成36bundle.xyz坐标文件）、nvt00.in（NVT系综启动LAMMPS脚本，读取chain.36bundle、data.cellulose_nohybrid及36bundle.xyz）、nvt01.in、nvt02.in（后续NVT模拟脚本）及chain.nvt02（最终配置数据文件）
- 文件夹：36bundle_mix
- 内容说明：基于36bundle的混合溶剂体系模拟文件，含36bm.xyz（Packmol生成的混合溶剂坐标文件）、nvt00.in（NVT启动脚本，读取data.cellulose.in、data.water_spce.in等力场文件及溶剂分子参数文件）、npt00.in/npt01.in（NPT系综模拟脚本）、chain.npt06（NPT模拟最终配置文件）、osc_length.in/osc_force.in（振荡拉伸/压缩模拟脚本）及对应结果文件
- 文件夹：36bundle_water
- 内容说明：基于36bundle的水溶剂体系模拟文件，含36bw.xyz（Packmol生成的水溶剂坐标文件）、nvt00.in（NVT启动脚本，读取纤维素及水的力场与参数文件）、osc_length.in/osc_force.in（振荡模拟脚本）及对应结果文件
- 压缩包：supplemental.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含上述所有文件夹及文件的压缩包
数据来源
论文“Computational study of the dissolution of cellulose into single chains: the role of the solvent and agitation”
适用场景
- 纤维素溶解机制计算验证: 复现不同溶剂和搅拌条件下纤维素单链溶解的分子动力学模拟，验证溶剂与搅拌的作用机制
- 分子模拟流程复现: 参考文件结构与脚本，复现从纤维素结构构建、溶剂体系配置到动力学模拟的完整计算流程
- 力场参数与格式转换研究: 分析GLYCAM到LAMMPS的格式转换逻辑，优化碳水化合物分子模拟的参数兼容性
- 溶剂体系模拟方法优化: 基于Packmol配置文件，改进纤维素-溶剂混合体系的初始构型构建策略
- 振荡条件下高分子溶解模拟: 利用振荡拉伸/压缩脚本，研究动态力学条件对纤维素溶解过程的影响
