数据集概述
该数据集包含美国怀俄明州398只叉角羚的基因组学研究数据，涵盖4949个全基因组单核苷酸多态性（SNP）和11个微卫星基因座的基因型信息，以及样本基础信息、生物信息学分析流程文件等，用于评估叉角羚核心分布区的遗传结构与基因流状况。
文件详解
该数据集包含17个文件，按类型分组说明如下：
- 文档与协议文件
- readme.txt：项目文件说明文档，解释数据集各文件内容与用途
- rfseqProtocol.pdf：简化基因组测序实验方案文档
- BioinformaticsWorkflow.txt：生物信息学分析流程说明
- 样本与基因型数据文件
- SampleInfo.csv：样本信息表，包含样本ID、类型、采集年份、性别、狩猎区、SNP/微卫星分析保留状态
- MicrosatelliteGenotypes.csv：微卫星基因座基因型数据文件
- SNPGenotypes.vcf：SNP基因型数据文件（VCF格式）
- SNPGenotypeLikelihoods.txt：SNP基因型似然值数据
- 生物信息学代码与脚本文件
- vcf2mpgl.pl、splitFastq.pl、bwa.pl、gl2genest.pl、dDocent_prep.sh：Perl与Shell脚本，用于基因组数据处理
- ExcessHeterozygosity.R、PCA_ColorGradient.R、RareVariantAnalysis_I80.R：R语言脚本，用于遗传多样性分析、主成分分析、罕见变异分析
- 参考与辅助文件
- ConsensusGenome.fa：参考基因组序列文件
- ConsensusGenome.fa.fai：参考基因组索引文件
数据来源
Dryad
适用场景
- 种群遗传学研究：分析叉角羚核心分布区的遗传结构与基因流模式
- 保护生物学应用：评估景观屏障（如公路）对叉角羚基因连通性的影响
- 基因组学方法验证：测试全基因组SNP与微卫星标记在种群研究中的适用性
- 生物信息学流程参考：作为简化基因组测序数据分析的流程模板
