数据集概述
本数据集围绕丽鱼起源时间展开研究，提供了古生物学和分子钟分析的相关数据。通过整合化石证据与10个核基因的DNA序列数据集，对丽鱼冠群起源时间进行估算，结果支持其起源于古新世（约65-57百万年前），晚于冈瓦纳大陆分裂时间，为丽鱼生物地理学研究提供了修订的宏观进化时间尺度。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：cichlidCONCAT.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：包含158种鲈形目鱼类10个核基因的DNA序列串联比对数据，用于系统发育分析。
- 文件名称：cichlidRAxML.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：RAxML分析生成的系统发育树文件，记录丽鱼及其近缘类群的进化关系。
- 文件名称：cichlidRLC_SUM.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：12次独立BEAST分析结果汇总的系统发育树文件，包含丽鱼起源时间的估算信息。
- 文件名称：cichlidRLC_LGNa.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST松弛分子钟分析使用的参数设置文件，包含模型选择、先验分布等信息。
- 辅助文件
- 文件名称：README_for_cichlidCONCAT.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文档，包含文件内容、使用方法等信息。
- 文件名称：R_scripts_data.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含用于数据处理和分析的R脚本及相关数据。
数据来源
论文“Molecular and fossil evidence place the origin of cichlid fishes long after Gondwanan rifting”
适用场景
- 生物进化时间尺度研究：利用分子钟分析数据，修订丽鱼等鱼类的起源与分化时间。
- 生物地理学分析：结合化石分布与分子证据，探讨丽鱼地理分布模式的形成机制。
- 系统发育模型验证：通过RAxML和BEAST分析结果，评估不同进化模型对丽鱼系统发育关系的解释力。
- 进化生物学教学：作为实例，展示古生物学与分子生物学结合研究生物起源的方法。
