数据集概述
本数据集为针对非模式生物开发的双酶切RAD测序（ddRADseq-ion）实验数据，涵盖北极红点鲑、欧洲白鲑和普通蜥蜴三种脊椎动物的13个基因组文库测序结果，经Stacks工具过滤后获得多态性位点数据，包含原始测序数据、处理后的SNP数据、系统发育树文件及实验表格等20个文件。
文件详解
- SNP数据文件
- 文件名称：Library3_SNPs.xlsx、Library6_SNPs.xlsx、Library8_SNPs.xlsx、Library11_SNPs.xlsx等（共15个.xlsx文件）
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含各基因组文库经过滤后的多态性位点信息，每个文库平均约11000个多态性位点
- 基因型原始数据文件
- 文件名称：Replicate_1_genotypes_8x.raw、Replicate_1_genotypes_16x.raw、Replicate_2_genotypes_8x.raw、Replicate_2_genotypes_16x.raw
- 文件格式：RAW
- 字段映射介绍：技术重复样本的原始基因型数据，包含8x和16x两种处理的重复数据
- 系统发育树文件
- 文件名称：RAxML_treefile.tre
- 文件格式：TRE
- 字段映射介绍：使用RAxML构建的系统发育树文件，用于展示物种或样本间的进化关系
- 实验表格文件
- 文件名称：Table_1_Recknagel_et_al..xlsx、Table_2_Recknagel_et_al..xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：实验相关的补充表格数据，包含实验设计、样本信息或结果统计等内容
适用场景
- 群体遗传学研究：利用SNP数据和基因型数据分析非模式生物的群体结构、遗传多样性及基因流
- 系统发育分析：通过RAxML_treefile.tre文件重建物种或样本间的系统发育关系
- 分子标记开发验证：评估ddRADseq-ion方法在非模式生物中生成遗传标记的效率与重复性
- 测序平台比较研究：对比Ion Proton半导体平台与其他测序平台在RAD测序中的优缺点
- 进化生物学实验设计：参考实验表格中的设计方案优化非模式生物的基因分型实验流程
